More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3162 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  100 
 
 
395 aa  798    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2913  CAIB/BAIF family protein  55.03 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1271  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  55.03 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2233  CAIB/BAIF family protein  55.29 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3038  CAIB/BAIF family protein  55.03 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4131  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.21 
 
 
413 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1719  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.88 
 
 
425 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473881  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  47.79 
 
 
412 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  47.69 
 
 
420 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  47.69 
 
 
416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.26 
 
 
398 aa  342  8e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.62 
 
 
419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.35 
 
 
396 aa  333  4e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  48.29 
 
 
386 aa  332  9e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  43.62 
 
 
404 aa  322  5e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  47.09 
 
 
404 aa  322  6e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  42.97 
 
 
396 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.16 
 
 
391 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.07 
 
 
421 aa  315  6e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  42.08 
 
 
411 aa  315  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.98 
 
 
397 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
396 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
397 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.6 
 
 
433 aa  310  4e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
396 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
396 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  42.38 
 
 
412 aa  308  9e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  41.49 
 
 
404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.41 
 
 
397 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.34 
 
 
406 aa  306  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.67 
 
 
396 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.15 
 
 
396 aa  306  6e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.15 
 
 
396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  40.78 
 
 
397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.15 
 
 
397 aa  301  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  42.12 
 
 
402 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  42.08 
 
 
400 aa  298  1e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
401 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
401 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
418 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
406 aa  296  4e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.12 
 
 
406 aa  296  5e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  41.41 
 
 
405 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  42.19 
 
 
418 aa  295  1e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  41.6 
 
 
402 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.94 
 
 
405 aa  294  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.06 
 
 
398 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  41.3 
 
 
405 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
397 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
397 aa  293  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  40.1 
 
 
413 aa  292  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.36 
 
 
413 aa  292  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.41 
 
 
398 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  40.16 
 
 
401 aa  291  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
401 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  39.15 
 
 
402 aa  290  3e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  39.42 
 
 
402 aa  289  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
421 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  39.53 
 
 
401 aa  289  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  39.9 
 
 
401 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
398 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
401 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
401 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
402 aa  288  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
401 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
401 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
402 aa  286  5e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  41.64 
 
 
406 aa  285  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
401 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  40 
 
 
399 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  39.68 
 
 
409 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
396 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.53 
 
 
401 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.17 
 
 
399 aa  279  7e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  39.84 
 
 
409 aa  279  8e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  41.01 
 
 
398 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.86 
 
 
399 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
399 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  39.06 
 
 
399 aa  275  8e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.52 
 
 
408 aa  275  1.0000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  37.47 
 
 
399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  40.96 
 
 
400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
406 aa  274  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.2 
 
 
411 aa  272  7e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.74 
 
 
399 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.19 
 
 
396 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  39.44 
 
 
415 aa  270  4e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  38.1 
 
 
410 aa  266  5e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.27 
 
 
418 aa  265  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.3 
 
 
399 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.56 
 
 
408 aa  259  8e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>