More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0365 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
396 aa  802    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  68.45 
 
 
386 aa  548  1e-155  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  64.8 
 
 
404 aa  527  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  63.33 
 
 
416 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  63.33 
 
 
412 aa  511  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  63.33 
 
 
420 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.85 
 
 
398 aa  472  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.08 
 
 
421 aa  449  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.91 
 
 
419 aa  412  1e-114  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  47.22 
 
 
404 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4131  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.76 
 
 
413 aa  342  5e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  46.35 
 
 
395 aa  342  9e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.02 
 
 
398 aa  338  8e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  42.61 
 
 
399 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  43.54 
 
 
402 aa  331  1e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2233  CAIB/BAIF family protein  43.85 
 
 
425 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  43.04 
 
 
402 aa  331  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1271  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  43.85 
 
 
425 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3038  CAIB/BAIF family protein  43.85 
 
 
425 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2913  CAIB/BAIF family protein  43.85 
 
 
425 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.09 
 
 
397 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1719  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.97 
 
 
425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473881  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  42.78 
 
 
404 aa  327  3e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.2 
 
 
396 aa  325  9e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
397 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  42.24 
 
 
398 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
397 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.66 
 
 
402 aa  317  2e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  42.21 
 
 
410 aa  316  4e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.31 
 
 
397 aa  315  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  42.39 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  41.67 
 
 
396 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  43.42 
 
 
401 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  43.16 
 
 
401 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  41.12 
 
 
402 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.27 
 
 
408 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
405 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  42.16 
 
 
401 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
401 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  41.12 
 
 
402 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
401 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  42.64 
 
 
400 aa  305  7e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.33 
 
 
397 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  41.98 
 
 
400 aa  305  8.000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
396 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.04 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.25 
 
 
421 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.07 
 
 
397 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  39.44 
 
 
411 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.6 
 
 
391 aa  302  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  39.95 
 
 
405 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  40.05 
 
 
409 aa  300  4e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
399 aa  299  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.29 
 
 
399 aa  299  5e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.01 
 
 
413 aa  299  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.91 
 
 
401 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  39.59 
 
 
409 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.67 
 
 
405 aa  298  1e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.36 
 
 
399 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.09 
 
 
396 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.9 
 
 
399 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.09 
 
 
396 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  39.59 
 
 
402 aa  297  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.9 
 
 
399 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  40.25 
 
 
413 aa  297  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
399 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
396 aa  296  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.16 
 
 
408 aa  296  6e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.63 
 
 
399 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
406 aa  295  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.13 
 
 
433 aa  295  8e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
406 aa  295  8e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.78 
 
 
396 aa  293  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  39.95 
 
 
418 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
401 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
401 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
401 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.69 
 
 
418 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
396 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
401 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  41.67 
 
 
400 aa  293  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
401 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.58 
 
 
396 aa  292  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.32 
 
 
411 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  37.5 
 
 
396 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  39.1 
 
 
399 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.47 
 
 
401 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
399 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.17 
 
 
405 aa  289  5.0000000000000004e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.07 
 
 
396 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  41 
 
 
399 aa  289  6e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.77 
 
 
400 aa  288  8e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  40.75 
 
 
399 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.23 
 
 
406 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  38.44 
 
 
412 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>