More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3113 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.7 
 
 
399 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  76.94 
 
 
399 aa  637    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
399 aa  813    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  77.94 
 
 
399 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  79.2 
 
 
399 aa  655    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.7 
 
 
399 aa  650    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  76.69 
 
 
399 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  78.2 
 
 
399 aa  648    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  77.94 
 
 
409 aa  649    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.44 
 
 
399 aa  635    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  67.16 
 
 
401 aa  542  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.67 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.42 
 
 
401 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  68.81 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.17 
 
 
401 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.84 
 
 
421 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  68.56 
 
 
401 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.6 
 
 
413 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  67.09 
 
 
413 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.17 
 
 
401 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.67 
 
 
401 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.17 
 
 
401 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.67 
 
 
401 aa  531  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.58 
 
 
397 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.07 
 
 
397 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.8 
 
 
397 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.25 
 
 
401 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.25 
 
 
401 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.58 
 
 
397 aa  484  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.98 
 
 
411 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.02 
 
 
397 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.58 
 
 
396 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.84 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.32 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.06 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.84 
 
 
396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.25 
 
 
396 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.51 
 
 
397 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.32 
 
 
396 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.92 
 
 
406 aa  454  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.12 
 
 
396 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.18 
 
 
406 aa  456  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  55.47 
 
 
396 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.47 
 
 
396 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.24 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.44 
 
 
391 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  56.12 
 
 
405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.85 
 
 
405 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  54.08 
 
 
405 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  55.61 
 
 
418 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  53.83 
 
 
402 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  54.39 
 
 
412 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.57 
 
 
398 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  53.83 
 
 
402 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.44 
 
 
433 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.56 
 
 
406 aa  428  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  52.42 
 
 
411 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  50.76 
 
 
404 aa  424  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  53.61 
 
 
406 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  49.87 
 
 
404 aa  418  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.67 
 
 
418 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  50.64 
 
 
397 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  50 
 
 
402 aa  414  1e-114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  49.37 
 
 
399 aa  414  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  50.4 
 
 
402 aa  410  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.76 
 
 
398 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  49.13 
 
 
410 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  49.62 
 
 
398 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.91 
 
 
402 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  47.64 
 
 
402 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  50.26 
 
 
400 aa  364  2e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.42 
 
 
408 aa  359  5e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26000  CAIB/BAIF family protein  54.49 
 
 
313 aa  357  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  45.32 
 
 
400 aa  350  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.7 
 
 
384 aa  349  6e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2318  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.28 
 
 
420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0191  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.53 
 
 
416 aa  337  2.9999999999999997e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  44.84 
 
 
396 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.56 
 
 
396 aa  334  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1923  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.5 
 
 
413 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.4 
 
 
405 aa  330  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.7 
 
 
408 aa  328  8e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.58 
 
 
400 aa  328  9e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.86 
 
 
405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.61 
 
 
406 aa  327  3e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2775  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.2 
 
 
413 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  44.21 
 
 
400 aa  319  5e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  42.93 
 
 
399 aa  318  9e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
399 aa  318  9e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  42.68 
 
 
399 aa  317  2e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  43.51 
 
 
452 aa  316  4e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.12 
 
 
399 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  41.31 
 
 
415 aa  306  5.0000000000000004e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0909  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.77 
 
 
479 aa  302  6.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.756109  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.16 
 
 
426 aa  298  1e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.949796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>