More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_0110 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 328 aa  668    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.62 
 
 		 343 aa  408  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.41 
 
 		 336 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 		 337 aa  376  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 		 334 aa  363  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.66 
 
 		 340 aa  363  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.95 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 		 327 aa  363  3e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 		 335 aa  362  4e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.56 
 
 		 340 aa  362  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 		 335 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.03 
 
 		 340 aa  359  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.6 
 
 		 344 aa  359  4e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  57.73 
 
 		 335 aa  358  5e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.16 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.16 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.48 
 
 		 339 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  56.31 
 
 		 344 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.18 
 
 		 343 aa  354  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 331 aa  353  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.18 
 
 		 328 aa  353  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.5 
 
 		 327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 345 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 345 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.18 
 
 		 329 aa  349  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.94 
 
 		 338 aa  348  6e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.21 
 
 		 345 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.73 
 
 		 327 aa  347  2e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  53.82 
 
 		 345 aa  346  3e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 347 aa  346  4e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 339 aa  346  4e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.33 
 
 		 337 aa  345  4e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 347 aa  346  4e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  53.82 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  54.69 
 
 		 336 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.82 
 
 		 347 aa  345  7e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 332 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 332 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.31 
 
 		 336 aa  344  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 332 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.29 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 332 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 360 aa  343  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  57.37 
 
 		 329 aa  343  2e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.11 
 
 		 343 aa  342  5e-93  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  55.24 
 
 		 335 aa  342  7e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.9 
 
 		 349 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.21 
 
 		 345 aa  340  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  51.94 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.39 
 
 		 348 aa  338  5.9999999999999996e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 335 aa  338  8e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.54 
 
 		 353 aa  338  9.999999999999999e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.26 
 
 		 330 aa  335  3.9999999999999995e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.15 
 
 		 328 aa  335  5.999999999999999e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.19 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.08 
 
 		 345 aa  334  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.32 
 
 		 330 aa  332  4e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.45 
 
 		 331 aa  332  7.000000000000001e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.13 
 
 		 331 aa  332  7.000000000000001e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.6 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  54.21 
 
 		 376 aa  330  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.16 
 
 		 329 aa  329  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.09 
 
 		 349 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.33 
 
 		 337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 332 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.22 
 
 		 325 aa  325  8.000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.25 
 
 		 318 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.94 
 
 		 300 aa  324  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.34 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.22 
 
 		 333 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0970  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.9 
 
 		 353 aa  321  9.999999999999999e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.5228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.13 
 
 		 331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.52 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1734  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.47 
 
 		 348 aa  320  3e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00617531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.59 
 
 		 342 aa  318  5e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  51.54 
 
 		 345 aa  318  5e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0789  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.48 
 
 		 323 aa  318  6e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.683561 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.88 
 
 		 337 aa  318  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 343 aa  318  9e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0489584  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.2 
 
 		 340 aa  317  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1043  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.92 
 
 		 328 aa  317  1e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.648641  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.6 
 
 		 352 aa  318  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.57 
 
 		 344 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.13 
 
 		 317 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.2 
 
 		 340 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.79 
 
 		 339 aa  317  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3621  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.73 
 
 		 336 aa  316  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00174952  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0271  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.91 
 
 		 360 aa  316  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 		 347 aa  317  3e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0795  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.33 
 
 		 346 aa  316  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.48 
 
 		 337 aa  315  9e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.45 
 
 		 344 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.32 
 
 		 339 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.32 
 
 		 339 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>