More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00009 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 300 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  96.67 
 
 		 315 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  83.67 
 
 		 338 aa  538  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  82.06 
 
 		 327 aa  534  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  73.83 
 
 		 336 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 345 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  74.91 
 
 		 345 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 345 aa  472  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  74.91 
 
 		 345 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 345 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 347 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 339 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.91 
 
 		 347 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 345 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 332 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.57 
 
 		 347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.79 
 
 		 345 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.45 
 
 		 345 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.79 
 
 		 340 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  73.54 
 
 		 331 aa  464  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.11 
 
 		 345 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  70.95 
 
 		 335 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.45 
 
 		 327 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.15 
 
 		 340 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.48 
 
 		 334 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.57 
 
 		 339 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.24 
 
 		 339 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.77 
 
 		 328 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.57 
 
 		 339 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.67 
 
 		 343 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.11 
 
 		 340 aa  460  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.81 
 
 		 335 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.72 
 
 		 349 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.57 
 
 		 339 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  73.13 
 
 		 344 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.13 
 
 		 326 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.47 
 
 		 335 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.45 
 
 		 329 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  73.1 
 
 		 331 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.72 
 
 		 327 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.69 
 
 		 330 aa  433  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.5 
 
 		 337 aa  404  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.63 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.88 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.49 
 
 		 336 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.88 
 
 		 335 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.87 
 
 		 344 aa  385  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.38 
 
 		 331 aa  367  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.7 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.43 
 
 		 339 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.27 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.29 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.93 
 
 		 336 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.93 
 
 		 336 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.93 
 
 		 334 aa  360  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.8 
 
 		 346 aa  360  2e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.62 
 
 		 332 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.14 
 
 		 331 aa  357  9e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.48 
 
 		 321 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.29 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.63 
 
 		 337 aa  354  8.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.45 
 
 		 331 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.45 
 
 		 360 aa  353  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.27 
 
 		 343 aa  350  1e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.08 
 
 		 331 aa  350  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 318 aa  348  9e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.93 
 
 		 330 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.88 
 
 		 436 aa  345  4e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.88 
 
 		 339 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.88 
 
 		 339 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.88 
 
 		 339 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  60.48 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.42 
 
 		 317 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.25 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.61 
 
 		 344 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.95 
 
 		 332 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.61 
 
 		 365 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.61 
 
 		 365 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.67 
 
 		 442 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.67 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.67 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.38 
 
 		 357 aa  340  1e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.93 
 
 		 357 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.19 
 
 		 343 aa  339  2.9999999999999998e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  53.9 
 
 		 376 aa  339  2.9999999999999998e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  55.67 
 
 		 333 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.04 
 
 		 328 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.04 
 
 		 344 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.15 
 
 		 339 aa  338  7e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.7 
 
 		 333 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.97 
 
 		 340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.93 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.37 
 
 		 337 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.67 
 
 		 333 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  54.58 
 
 		 335 aa  333  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.67 
 
 		 325 aa  332  4e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 342 aa  331  8e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>