More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1469 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  99.7 
 
 		 328 aa  677    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  93.31 
 
 		 357 aa  662    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  95.06 
 
 		 344 aa  676    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  94.48 
 
 		 365 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  93.9 
 
 		 328 aa  636    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  94.48 
 
 		 365 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 344 aa  711    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.66 
 
 		 442 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.91 
 
 		 339 aa  608  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.91 
 
 		 339 aa  608  1e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.66 
 
 		 436 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.91 
 
 		 339 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.37 
 
 		 339 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.91 
 
 		 339 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  84.91 
 
 		 339 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  83.78 
 
 		 333 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  83.48 
 
 		 333 aa  587  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  82.88 
 
 		 333 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  70 
 
 		 344 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.64 
 
 		 346 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.47 
 
 		 341 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1989  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.28 
 
 		 351 aa  487  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.931204  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.66 
 
 		 327 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  67 
 
 		 352 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.17 
 
 		 331 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.89 
 
 		 342 aa  418  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.1 
 
 		 337 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1883  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.86 
 
 		 351 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.99 
 
 		 333 aa  404  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.86 
 
 		 351 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.228828  normal  0.237445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.01 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.69 
 
 		 336 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  66 
 
 		 347 aa  403  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.78 
 
 		 344 aa  401  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.06 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3621  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.26 
 
 		 336 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00174952  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.46 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.46 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.51 
 
 		 331 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.57 
 
 		 334 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.36 
 
 		 339 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.05 
 
 		 345 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0271  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.06 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.05 
 
 		 345 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.12 
 
 		 332 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.81 
 
 		 332 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 331 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 		 340 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.12 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.81 
 
 		 332 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.81 
 
 		 332 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.52 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  59.62 
 
 		 345 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 347 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  59.62 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 347 aa  376  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.29 
 
 		 345 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 345 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.69 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.38 
 
 		 336 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 339 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.75 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  58.05 
 
 		 335 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.49 
 
 		 331 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.29 
 
 		 347 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.37 
 
 		 327 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.98 
 
 		 340 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.29 
 
 		 345 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  58.17 
 
 		 315 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.6 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  58.97 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.75 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.69 
 
 		 328 aa  364  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 341 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.02 
 
 		 337 aa  362  4e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.37 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.81 
 
 		 338 aa  360  3e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.03 
 
 		 349 aa  359  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 		 329 aa  358  5e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.86 
 
 		 339 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.86 
 
 		 339 aa  358  9e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.05 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 327 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.19 
 
 		 331 aa  356  2.9999999999999997e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.75 
 
 		 340 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.86 
 
 		 339 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.15 
 
 		 327 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  53 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.97 
 
 		 335 aa  354  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.96 
 
 		 360 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  56.59 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  57.77 
 
 		 339 aa  350  1e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.71 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.7 
 
 		 331 aa  349  5e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.12 
 
 		 335 aa  348  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.85 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>