More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2060 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1883  tRNA-dihydrouridine synthase A  99.15 
 
 		 351 aa  717    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 351 aa  723    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.228828  normal  0.237445 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  80 
 
 		 347 aa  550  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3621  tRNA-dihydrouridine synthase A  81.73 
 
 		 336 aa  537  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00174952  normal  0.0743499 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  75.71 
 
 		 337 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  77.92 
 
 		 344 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  77.17 
 
 		 333 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  73.48 
 
 		 331 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0271  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.75 
 
 		 360 aa  491  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.79 
 
 		 352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 442 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.28 
 
 		 342 aa  441  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.2 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.44 
 
 		 333 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.13 
 
 		 333 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.87 
 
 		 436 aa  443  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  69.18 
 
 		 333 aa  435  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.61 
 
 		 357 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.64 
 
 		 365 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.64 
 
 		 365 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.64 
 
 		 344 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.67 
 
 		 344 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.5 
 
 		 341 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1989  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.44 
 
 		 351 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.931204  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.86 
 
 		 344 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.88 
 
 		 346 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.6 
 
 		 328 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.26 
 
 		 328 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.58 
 
 		 327 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.84 
 
 		 331 aa  381  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.5 
 
 		 332 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.81 
 
 		 331 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.32 
 
 		 334 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  62 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.49 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.16 
 
 		 321 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.33 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.81 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.81 
 
 		 336 aa  368  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 327 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.14 
 
 		 336 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.86 
 
 		 336 aa  364  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.14 
 
 		 360 aa  361  1e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.82 
 
 		 332 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.82 
 
 		 332 aa  360  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.82 
 
 		 332 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.52 
 
 		 337 aa  360  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.82 
 
 		 332 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.53 
 
 		 344 aa  359  3e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.53 
 
 		 345 aa  359  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  58.39 
 
 		 345 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  61.82 
 
 		 336 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 347 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 347 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 330 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 345 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 345 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  58.39 
 
 		 345 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 347 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.69 
 
 		 338 aa  356  2.9999999999999997e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 331 aa  355  5e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.62 
 
 		 345 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.53 
 
 		 331 aa  352  5e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.62 
 
 		 345 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.62 
 
 		 345 aa  352  5.9999999999999994e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 315 aa  351  8e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 		 329 aa  351  8e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.55 
 
 		 326 aa  351  1e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.05 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.32 
 
 		 327 aa  349  3e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  59.22 
 
 		 335 aa  350  3e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  57 
 
 		 348 aa  349  5e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.56 
 
 		 345 aa  349  5e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.6 
 
 		 344 aa  348  6e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 		 339 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 		 339 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 		 339 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 		 335 aa  348  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 		 339 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.55 
 
 		 327 aa  347  2e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.45 
 
 		 340 aa  345  6e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 334 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 331 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.72 
 
 		 349 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.5 
 
 		 328 aa  343  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.15 
 
 		 343 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.18 
 
 		 328 aa  340  2e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.32 
 
 		 335 aa  338  5.9999999999999996e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.62 
 
 		 325 aa  338  8e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.33 
 
 		 343 aa  337  9.999999999999999e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  56.81 
 
 		 345 aa  335  5e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>