More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_1580 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 343 aa  697    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.62 
 
 		 328 aa  408  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.95 
 
 		 336 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.32 
 
 		 337 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.57 
 
 		 332 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.81 
 
 		 326 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.57 
 
 		 332 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.38 
 
 		 340 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.57 
 
 		 332 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.63 
 
 		 345 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.27 
 
 		 332 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.75 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 335 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.54 
 
 		 339 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.08 
 
 		 345 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 335 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.49 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  56.85 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.59 
 
 		 331 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 339 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.78 
 
 		 345 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 		 328 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.31 
 
 		 327 aa  381  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 339 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  56.85 
 
 		 345 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 339 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.05 
 
 		 343 aa  380  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  59.59 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.85 
 
 		 345 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.23 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.51 
 
 		 347 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.97 
 
 		 336 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.12 
 
 		 344 aa  373  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.5 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.31 
 
 		 360 aa  368  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.63 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.72 
 
 		 331 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.14 
 
 		 327 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  57.64 
 
 		 315 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.21 
 
 		 344 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.28 
 
 		 338 aa  364  1e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 327 aa  364  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.91 
 
 		 349 aa  362  6e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.61 
 
 		 328 aa  359  3e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.69 
 
 		 336 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.18 
 
 		 343 aa  355  6.999999999999999e-97  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.79 
 
 		 336 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.31 
 
 		 331 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.35 
 
 		 335 aa  353  2.9999999999999997e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.68 
 
 		 331 aa  352  5e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.17 
 
 		 345 aa  352  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.94 
 
 		 331 aa  352  7e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.75 
 
 		 336 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.5 
 
 		 346 aa  349  3e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.25 
 
 		 330 aa  349  5e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.04 
 
 		 334 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.57 
 
 		 336 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.17 
 
 		 331 aa  347  2e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.73 
 
 		 341 aa  344  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.19 
 
 		 332 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.35 
 
 		 353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  56.96 
 
 		 329 aa  342  4e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 335 aa  341  9e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.86 
 
 		 321 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.78 
 
 		 339 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.11 
 
 		 333 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.19 
 
 		 300 aa  339  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.85 
 
 		 348 aa  336  2.9999999999999997e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.49 
 
 		 347 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.68 
 
 		 331 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.4 
 
 		 336 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.89 
 
 		 337 aa  334  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.42 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.42 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.84 
 
 		 342 aa  333  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.53 
 
 		 344 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 339 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.03 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.06 
 
 		 329 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 436 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  54.31 
 
 		 376 aa  329  5.0000000000000004e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1883  tRNA-dihydrouridine synthase A  58 
 
 		 351 aa  328  6e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.37 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.72 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.72 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.72 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  54.63 
 
 		 336 aa  326  3e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.33 
 
 		 339 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.33 
 
 		 339 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.33 
 
 		 351 aa  326  5e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.228828  normal  0.237445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 357 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0970  tRNA-dihydrouridine synthase A  52 
 
 		 353 aa  325  7e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.5228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>