More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3573 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  96.73 
 
 
336 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  96.55 
 
 
336 aa  639    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 
336 aa  693    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  92.5 
 
 
321 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  83.43 
 
 
332 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  85.62 
 
 
334 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.06 
 
 
331 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.86 
 
 
331 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.06 
 
 
339 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  78.27 
 
 
336 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  80.18 
 
 
336 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.98 
 
 
328 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.99 
 
 
337 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.44 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.38 
 
 
344 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.38 
 
 
327 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.69 
 
 
365 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.69 
 
 
344 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.69 
 
 
365 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 
326 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.54 
 
 
331 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.61 
 
 
345 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.72 
 
 
341 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.42 
 
 
357 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  61.32 
 
 
333 aa  394  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.5 
 
 
332 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 
339 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.5 
 
 
332 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.7 
 
 
329 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.92 
 
 
333 aa  394  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.11 
 
 
333 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.5 
 
 
332 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.5 
 
 
332 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.08 
 
 
349 aa  394  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  59.2 
 
 
345 aa  391  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
347 aa  391  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
347 aa  391  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.32 
 
 
341 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.49 
 
 
327 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.95 
 
 
340 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.63 
 
 
327 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.99 
 
 
334 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.8 
 
 
340 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
345 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
339 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  61.24 
 
 
315 aa  391  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 
343 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.28 
 
 
328 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
345 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
442 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.2 
 
 
347 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  59.2 
 
 
345 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.64 
 
 
345 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
436 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.66 
 
 
339 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.66 
 
 
330 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.7 
 
 
345 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 
335 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.37 
 
 
337 aa  384  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 
345 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.62 
 
 
336 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.27 
 
 
339 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.18 
 
 
338 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.63 
 
 
340 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.95 
 
 
328 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 
345 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.04 
 
 
335 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 
346 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.31 
 
 
331 aa  380  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.16 
 
 
360 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.59 
 
 
344 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.02 
 
 
342 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.09 
 
 
331 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  57.78 
 
 
335 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.39 
 
 
346 aa  375  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1989  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.15 
 
 
351 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.931204  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.05 
 
 
344 aa  372  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.97 
 
 
328 aa  372  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.58 
 
 
337 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.84 
 
 
352 aa  368  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.54 
 
 
344 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.41 
 
 
333 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.04 
 
 
331 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.24 
 
 
345 aa  363  3e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.62 
 
 
347 aa  363  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.93 
 
 
300 aa  362  7.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.74 
 
 
327 aa  361  8e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.31 
 
 
335 aa  360  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1883  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.67 
 
 
351 aa  359  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.49 
 
 
351 aa  358  6e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.228828  normal  0.237445 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.39 
 
 
348 aa  356  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.21 
 
 
335 aa  355  5.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.69 
 
 
343 aa  355  6.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>