More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3912 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 
335 aa  701    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  94.01 
 
 
334 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  93.13 
 
 
335 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  94.17 
 
 
340 aa  653    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  88.25 
 
 
343 aa  622  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  90.12 
 
 
339 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  90.12 
 
 
339 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  90.43 
 
 
339 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  89.81 
 
 
339 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  85.08 
 
 
328 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  82.28 
 
 
327 aa  552  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  77.35 
 
 
349 aa  554  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.19 
 
 
329 aa  544  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  79.56 
 
 
326 aa  542  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  77.5 
 
 
327 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  76.52 
 
 
331 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.45 
 
 
338 aa  497  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  73.25 
 
 
327 aa  494  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  75.24 
 
 
335 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  72.52 
 
 
315 aa  487  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  72.61 
 
 
345 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.61 
 
 
339 aa  478  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.61 
 
 
347 aa  478  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.61 
 
 
347 aa  478  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.93 
 
 
347 aa  480  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.61 
 
 
345 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.61 
 
 
345 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.66 
 
 
340 aa  474  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  72.61 
 
 
345 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.29 
 
 
345 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.29 
 
 
331 aa  471  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  72.26 
 
 
340 aa  473  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.34 
 
 
332 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.02 
 
 
332 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.34 
 
 
332 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.48 
 
 
336 aa  469  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.34 
 
 
332 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  73.42 
 
 
344 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.7 
 
 
345 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.06 
 
 
345 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.06 
 
 
345 aa  457  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.47 
 
 
300 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.74 
 
 
345 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.64 
 
 
337 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.05 
 
 
330 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.3 
 
 
336 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.74 
 
 
345 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.65 
 
 
328 aa  431  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.18 
 
 
335 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.79 
 
 
348 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.42 
 
 
346 aa  401  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.04 
 
 
339 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.32 
 
 
344 aa  395  1e-109  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.06 
 
 
331 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.63 
 
 
335 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 
336 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.46 
 
 
331 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  63.7 
 
 
336 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 
337 aa  387  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.86 
 
 
331 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.76 
 
 
357 aa  386  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 
336 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.84 
 
 
360 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.99 
 
 
321 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.32 
 
 
331 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.96 
 
 
341 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.73 
 
 
336 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 
343 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.25 
 
 
331 aa  380  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.15 
 
 
343 aa  379  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.64 
 
 
333 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.78 
 
 
330 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.13 
 
 
336 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.69 
 
 
337 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.22 
 
 
318 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.59 
 
 
329 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.05 
 
 
330 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.71 
 
 
336 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.7 
 
 
334 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.05 
 
 
340 aa  372  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.05 
 
 
340 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.75 
 
 
333 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.01 
 
 
333 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.1 
 
 
332 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.18 
 
 
337 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.33 
 
 
342 aa  371  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.73 
 
 
332 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.59 
 
 
331 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  56.45 
 
 
335 aa  368  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.72 
 
 
357 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.05 
 
 
344 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  58.05 
 
 
333 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.05 
 
 
365 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.05 
 
 
365 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.74 
 
 
340 aa  364  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.55 
 
 
353 aa  364  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.65 
 
 
335 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  53.42 
 
 
376 aa  363  2e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.72 
 
 
339 aa  363  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 
328 aa  362  7.0000000000000005e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>