More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1996 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 344 aa  701    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.09 
 
 		 337 aa  441  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.19 
 
 		 343 aa  429  1e-119  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.27 
 
 		 345 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 331 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.33 
 
 		 336 aa  418  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.56 
 
 		 360 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 		 331 aa  415  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.27 
 
 		 345 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.27 
 
 		 345 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.88 
 
 		 327 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.31 
 
 		 338 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  61.78 
 
 		 315 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  64.44 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.32 
 
 		 326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.58 
 
 		 331 aa  405  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  63.99 
 
 		 376 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.94 
 
 		 332 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.9 
 
 		 340 aa  401  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.71 
 
 		 331 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  61.01 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.01 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.25 
 
 		 332 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.01 
 
 		 347 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.01 
 
 		 347 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.25 
 
 		 334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.19 
 
 		 339 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.94 
 
 		 332 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.46 
 
 		 330 aa  398  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.88 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.63 
 
 		 343 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.59 
 
 		 340 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.69 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.26 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.19 
 
 		 339 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.01 
 
 		 339 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.94 
 
 		 332 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.69 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.69 
 
 		 345 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.32 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  60.69 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  63.19 
 
 		 344 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.46 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.69 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.88 
 
 		 339 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.75 
 
 		 335 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.75 
 
 		 340 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.06 
 
 		 328 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.54 
 
 		 336 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.84 
 
 		 349 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.26 
 
 		 344 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.8 
 
 		 329 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.36 
 
 		 328 aa  391  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.55 
 
 		 342 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  59.33 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.84 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  61.15 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.63 
 
 		 349 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.42 
 
 		 346 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.86 
 
 		 357 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.52 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.32 
 
 		 365 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.32 
 
 		 365 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.87 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.46 
 
 		 330 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.74 
 
 		 344 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  60.19 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.82 
 
 		 340 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.01 
 
 		 339 aa  381  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.5 
 
 		 330 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.51 
 
 		 442 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.41 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.39 
 
 		 333 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.32 
 
 		 318 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 436 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.51 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.51 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.52 
 
 		 344 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.54 
 
 		 339 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.13 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 		 333 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.41 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.32 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.81 
 
 		 337 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.66 
 
 		 346 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.92 
 
 		 353 aa  375  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.77 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.37 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 		 335 aa  372  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.4 
 
 		 331 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.81 
 
 		 331 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.05 
 
 		 336 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  56.96 
 
 		 333 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.07 
 
 		 352 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.12 
 
 		 343 aa  373  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>