More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2084 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  100 
 
 		 339 aa  686    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  76.16 
 
 		 345 aa  495  1e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.33 
 
 		 344 aa  385  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 343 aa  381  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.28 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.84 
 
 		 337 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.2 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.57 
 
 		 333 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.27 
 
 		 333 aa  359  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 		 335 aa  358  6e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.59 
 
 		 357 aa  358  6e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.01 
 
 		 339 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.46 
 
 		 442 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.01 
 
 		 339 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  54.52 
 
 		 333 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.14 
 
 		 344 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.46 
 
 		 436 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.46 
 
 		 339 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.49 
 
 		 347 aa  355  8.999999999999999e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.46 
 
 		 339 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.46 
 
 		 339 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.42 
 
 		 346 aa  354  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.78 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.63 
 
 		 331 aa  353  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.42 
 
 		 343 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 339 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.83 
 
 		 365 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.83 
 
 		 365 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 339 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 347 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 347 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  55.17 
 
 		 345 aa  352  7e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.72 
 
 		 327 aa  352  7e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 331 aa  352  7e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.16 
 
 		 334 aa  352  7e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 339 aa  351  8e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  55.91 
 
 		 376 aa  351  8.999999999999999e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 345 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 345 aa  351  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  55.17 
 
 		 345 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.77 
 
 		 344 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.14 
 
 		 335 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.85 
 
 		 341 aa  350  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.11 
 
 		 331 aa  350  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.86 
 
 		 331 aa  350  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.48 
 
 		 339 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.55 
 
 		 328 aa  349  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 332 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 332 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 340 aa  348  6e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 332 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.48 
 
 		 339 aa  348  7e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 332 aa  348  7e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.89 
 
 		 345 aa  347  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.12 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 345 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.02 
 
 		 326 aa  345  6e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 335 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 360 aa  345  7e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.55 
 
 		 329 aa  345  8e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.97 
 
 		 328 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 327 aa  342  5e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.19 
 
 		 342 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 		 328 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.04 
 
 		 327 aa  340  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.15 
 
 		 349 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.28 
 
 		 327 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.27 
 
 		 349 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.12 
 
 		 345 aa  339  4e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.9 
 
 		 331 aa  338  5e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.93 
 
 		 345 aa  339  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.12 
 
 		 345 aa  338  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.12 
 
 		 345 aa  338  9e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.4 
 
 		 330 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.79 
 
 		 337 aa  335  5e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  53.23 
 
 		 315 aa  335  5.999999999999999e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  55.38 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.36 
 
 		 353 aa  333  2e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.16 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.48 
 
 		 330 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.62 
 
 		 338 aa  333  4e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.49 
 
 		 329 aa  330  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.31 
 
 		 333 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 340 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.19 
 
 		 325 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.38 
 
 		 348 aa  329  3e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 340 aa  329  4e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 340 aa  329  4e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.58 
 
 		 336 aa  328  9e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 357 aa  328  9e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.72 
 
 		 336 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  52.28 
 
 		 335 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.27 
 
 		 330 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.29 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.05 
 
 		 331 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1989  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.5 
 
 		 351 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.931204  normal  0.0511274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.95 
 
 		 337 aa  325  7e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.52 
 
 		 333 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.93 
 
 		 343 aa  324  2e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.06 
 
 		 332 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>