More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2060 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 330 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.67 
 
 		 332 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  81.99 
 
 		 318 aa  527  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.37 
 
 		 330 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  78.23 
 
 		 317 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  78.75 
 
 		 336 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  78.09 
 
 		 340 aa  497  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.87 
 
 		 337 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.98 
 
 		 330 aa  438  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  65.12 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  64.15 
 
 		 336 aa  425  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4378  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.23 
 
 		 327 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.016037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0909  tRNA-dihydrouridine synthase A  70.44 
 
 		 340 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0946  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.81 
 
 		 354 aa  420  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.46 
 
 		 335 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1976  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.06 
 
 		 319 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.2 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.25 
 
 		 353 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 338 aa  384  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.94 
 
 		 325 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.75 
 
 		 340 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.5 
 
 		 344 aa  383  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.09 
 
 		 337 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.75 
 
 		 340 aa  383  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.76 
 
 		 345 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.76 
 
 		 345 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.55 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.83 
 
 		 327 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.76 
 
 		 345 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.64 
 
 		 327 aa  378  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.73 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.05 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.74 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  58.68 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.43 
 
 		 340 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  56.45 
 
 		 315 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.68 
 
 		 333 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.68 
 
 		 333 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.66 
 
 		 329 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.62 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.25 
 
 		 339 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.08 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.86 
 
 		 344 aa  368  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.62 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.62 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.78 
 
 		 340 aa  368  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.11 
 
 		 335 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.1 
 
 		 340 aa  368  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 345 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  56.79 
 
 		 345 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 347 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0885  tRNA-dihydrouridine synthase A  67.96 
 
 		 324 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.19 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 345 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 		 336 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  56.79 
 
 		 345 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.79 
 
 		 339 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.13 
 
 		 327 aa  364  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.03 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 343 aa  364  1e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.32 
 
 		 349 aa  364  1e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.74 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 332 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.05 
 
 		 345 aa  363  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.04 
 
 		 346 aa  363  2e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 332 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 332 aa  362  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.84 
 
 		 330 aa  362  5.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.11 
 
 		 345 aa  362  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.49 
 
 		 337 aa  360  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 343 aa  360  1e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.76 
 
 		 332 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  56.87 
 
 		 376 aa  358  5e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.96 
 
 		 329 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.17 
 
 		 357 aa  355  3.9999999999999996e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.89 
 
 		 331 aa  354  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.08 
 
 		 331 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.65 
 
 		 326 aa  352  5e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.86 
 
 		 329 aa  348  9e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02834  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.38 
 
 		 334 aa  347  1e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.24 
 
 		 360 aa  346  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0227  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.85 
 
 		 343 aa  346  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0489584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.93 
 
 		 300 aa  347  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  55.56 
 
 		 341 aa  345  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.2 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.76 
 
 		 345 aa  344  1e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.14 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.73 
 
 		 349 aa  342  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 339 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 339 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  57.24 
 
 		 333 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.27 
 
 		 313 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.77 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.31 
 
 		 339 aa  341  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.24 
 
 		 442 aa  340  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.25 
 
 		 338 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>