More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2043 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 
317 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  89.27 
 
 
332 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  85.8 
 
 
330 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  78.23 
 
 
330 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.38 
 
 
318 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  76.53 
 
 
336 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  77.49 
 
 
340 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.62 
 
 
337 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  64.13 
 
 
335 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.62 
 
 
330 aa  411  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  61.81 
 
 
336 aa  403  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.81 
 
 
335 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1976  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.19 
 
 
319 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4378  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.25 
 
 
327 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.016037  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0909  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.3 
 
 
340 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0946  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.35 
 
 
354 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.17 
 
 
325 aa  381  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 
340 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.21 
 
 
337 aa  375  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.68 
 
 
340 aa  375  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.49 
 
 
353 aa  377  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.61 
 
 
326 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.03 
 
 
337 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.61 
 
 
334 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  56.59 
 
 
315 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.78 
 
 
345 aa  364  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.28 
 
 
342 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  58.71 
 
 
335 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0885  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.99 
 
 
324 aa  363  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228779  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.61 
 
 
335 aa  362  6e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.7 
 
 
344 aa  362  6e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.72 
 
 
349 aa  362  6e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.47 
 
 
345 aa  361  7.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.28 
 
 
340 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.47 
 
 
345 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.51 
 
 
339 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.96 
 
 
333 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 
327 aa  359  3e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 
339 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 
339 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.19 
 
 
338 aa  358  6e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 
339 aa  358  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.34 
 
 
327 aa  358  8e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.61 
 
 
335 aa  358  8e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.39 
 
 
328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  58.39 
 
 
344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 
336 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 
345 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.13 
 
 
340 aa  354  8.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.31 
 
 
343 aa  354  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.68 
 
 
336 aa  354  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 
332 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  56.55 
 
 
345 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
347 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 
332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 
332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
347 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.31 
 
 
333 aa  352  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.49 
 
 
331 aa  352  4e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.87 
 
 
332 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
339 aa  352  5e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.72 
 
 
329 aa  352  5e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
345 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  56.55 
 
 
345 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
345 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.55 
 
 
347 aa  352  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 
340 aa  351  8e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  55.99 
 
 
341 aa  349  4e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.23 
 
 
345 aa  348  5e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 
331 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 
327 aa  347  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 
313 aa  347  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.63 
 
 
343 aa  347  2e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.97 
 
 
329 aa  345  5e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.38 
 
 
330 aa  344  1e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.42 
 
 
300 aa  343  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.74 
 
 
331 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.02 
 
 
326 aa  342  4e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.45 
 
 
346 aa  342  7e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.92 
 
 
335 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 
329 aa  341  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.63 
 
 
331 aa  340  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.73 
 
 
338 aa  340  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.98 
 
 
360 aa  338  5e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
339 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
339 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
339 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
339 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
339 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
442 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 
436 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.09 
 
 
331 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.21 
 
 
328 aa  335  3.9999999999999995e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.58 
 
 
345 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.38 
 
 
328 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.74 
 
 
357 aa  333  2e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 
343 aa  334  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0489584  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 
357 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.38 
 
 
365 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.38 
 
 
365 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>