More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0353 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 335 aa  704    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.55 
 
 		 340 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.06 
 
 		 326 aa  424  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.24 
 
 		 349 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  62.14 
 
 		 315 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.88 
 
 		 334 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.18 
 
 		 335 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.38 
 
 		 328 aa  418  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.05 
 
 		 338 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.57 
 
 		 340 aa  418  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  60 
 
 		 327 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.01 
 
 		 339 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.01 
 
 		 339 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.02 
 
 		 327 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.31 
 
 		 329 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.01 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.78 
 
 		 340 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.62 
 
 		 335 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.32 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  57.66 
 
 		 335 aa  408  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.14 
 
 		 336 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.12 
 
 		 343 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.01 
 
 		 345 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.26 
 
 		 327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.73 
 
 		 345 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.41 
 
 		 345 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  61.2 
 
 		 344 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.76 
 
 		 345 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.41 
 
 		 345 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.31 
 
 		 332 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.18 
 
 		 331 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.44 
 
 		 339 aa  401  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.31 
 
 		 332 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.76 
 
 		 345 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.31 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  60.76 
 
 		 345 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.44 
 
 		 347 aa  401  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.31 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.38 
 
 		 345 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.44 
 
 		 347 aa  401  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  60.44 
 
 		 345 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.43 
 
 		 345 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.94 
 
 		 331 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.44 
 
 		 347 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.69 
 
 		 330 aa  393  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.88 
 
 		 300 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 348 aa  380  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.68 
 
 		 328 aa  378  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.33 
 
 		 337 aa  377  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.75 
 
 		 344 aa  372  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 360 aa  368  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.09 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.31 
 
 		 336 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.46 
 
 		 335 aa  360  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.31 
 
 		 336 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.23 
 
 		 332 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.74 
 
 		 333 aa  359  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.52 
 
 		 343 aa  357  9.999999999999999e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.49 
 
 		 331 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0795  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.9 
 
 		 321 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0789  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.57 
 
 		 323 aa  356  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.683561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.71 
 
 		 321 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.91 
 
 		 349 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.18 
 
 		 336 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.85 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.52 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  55 
 
 		 331 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.05 
 
 		 336 aa  351  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.56 
 
 		 331 aa  350  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.44 
 
 		 331 aa  350  3e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.58 
 
 		 331 aa  349  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.63 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  55.74 
 
 		 336 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.47 
 
 		 337 aa  344  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1943  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.89 
 
 		 331 aa  343  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.88 
 
 		 337 aa  342  7e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.13 
 
 		 346 aa  341  8e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 343 aa  341  8e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.03 
 
 		 346 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 328 aa  338  9e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.96 
 
 		 342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1734  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.54 
 
 		 348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00617531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.2 
 
 		 342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.27 
 
 		 333 aa  335  5e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.84 
 
 		 330 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.31 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.63 
 
 		 340 aa  334  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.47 
 
 		 333 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.63 
 
 		 340 aa  334  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  48.75 
 
 		 376 aa  333  3e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 337 aa  332  6e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 332 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1916  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.36 
 
 		 352 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.648833  normal  0.218347 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.94 
 
 		 335 aa  332  8e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.44 
 
 		 341 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  50 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  48.58 
 
 		 345 aa  331  1e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.32 
 
 		 331 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.7 
 
 		 357 aa  330  3e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.41 
 
 		 329 aa  329  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>