More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1275 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  100 
 
 		 329 aa  669    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.79 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.73 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.88 
 
 		 344 aa  372  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.18 
 
 		 360 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.47 
 
 		 345 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.87 
 
 		 334 aa  363  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.15 
 
 		 345 aa  362  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.15 
 
 		 345 aa  362  4e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.09 
 
 		 353 aa  361  9e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.56 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.92 
 
 		 340 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.35 
 
 		 328 aa  360  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.24 
 
 		 335 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.95 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.84 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.95 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.95 
 
 		 339 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  59.62 
 
 		 335 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.77 
 
 		 327 aa  355  3.9999999999999996e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.76 
 
 		 332 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.76 
 
 		 332 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.95 
 
 		 339 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.35 
 
 		 326 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.63 
 
 		 343 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.94 
 
 		 331 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.45 
 
 		 332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.91 
 
 		 335 aa  352  4e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  56.09 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 347 aa  351  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  56.09 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 347 aa  351  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.88 
 
 		 332 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 339 aa  351  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 345 aa  350  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.11 
 
 		 337 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.65 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.09 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 327 aa  350  2e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.42 
 
 		 331 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.81 
 
 		 340 aa  349  4e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.06 
 
 		 345 aa  348  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 329 aa  348  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  54.58 
 
 		 315 aa  348  7e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.81 
 
 		 327 aa  348  8e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.44 
 
 		 340 aa  347  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.44 
 
 		 340 aa  347  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  60 
 
 		 325 aa  347  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 337 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.06 
 
 		 345 aa  348  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.7 
 
 		 340 aa  347  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  57.33 
 
 		 376 aa  346  2e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.11 
 
 		 330 aa  346  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.37 
 
 		 328 aa  343  2e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.11 
 
 		 335 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.04 
 
 		 329 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  57.37 
 
 		 344 aa  343  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.81 
 
 		 331 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.81 
 
 		 342 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 331 aa  343  2.9999999999999997e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.7 
 
 		 336 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.96 
 
 		 343 aa  342  2.9999999999999997e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.15 
 
 		 338 aa  342  4e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.17 
 
 		 329 aa  342  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  57.56 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 349 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.01 
 
 		 333 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.31 
 
 		 343 aa  340  2e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.91 
 
 		 330 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.41 
 
 		 328 aa  339  5e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.27 
 
 		 331 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.96 
 
 		 313 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.91 
 
 		 337 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2491  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.39 
 
 		 347 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.815058  normal  0.0558727 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.34 
 
 		 357 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.97 
 
 		 349 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.75 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.7 
 
 		 348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.81 
 
 		 333 aa  335  5e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1729  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.33 
 
 		 342 aa  335  5e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000628282 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  54.94 
 
 		 336 aa  335  5e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.71 
 
 		 340 aa  334  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 336 aa  334  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0271  tRNA-dihydrouridine synthase A  57 
 
 		 360 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.83 
 
 		 336 aa  334  1e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  54.52 
 
 		 341 aa  334  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2122  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.43 
 
 		 333 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.74 
 
 		 318 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.7 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.7 
 
 		 365 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.91 
 
 		 330 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  55.56 
 
 		 333 aa  332  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.15 
 
 		 333 aa  331  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.49 
 
 		 339 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.59 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.08 
 
 		 317 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.34 
 
 		 344 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1734  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.71 
 
 		 348 aa  330  3e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00617531  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>