More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0681 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0681  DNA repair protein RecN  100 
 
 		 594 aa  1207    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0793  DNA repair ATPase  50.5 
 
 		 608 aa  531  1e-149  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1517  DNA repair protein RecN  35.82 
 
 		 579 aa  329  8e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000776355 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5429  DNA repair protein RecN  37.77 
 
 		 580 aa  327  5e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.477052 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1518  DNA repair protein RecN  36.16 
 
 		 579 aa  325  1e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.301856  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2032  DNA repair protein RecN  36.22 
 
 		 567 aa  313  5.999999999999999e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3025  DNA repair protein RecN  37.07 
 
 		 569 aa  312  1e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.185029 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1342  DNA repair protein RecN  36.24 
 
 		 574 aa  307  4.0000000000000004e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2171  DNA repair protein RecN  36.97 
 
 		 575 aa  302  1e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00879264  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1126  DNA repair protein RecN  34.91 
 
 		 577 aa  299  9e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4437  DNA repair protein RecN  37.04 
 
 		 583 aa  298  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.297367  normal  0.304528 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2011  DNA repair protein RecN  36.59 
 
 		 580 aa  297  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.270463  normal  0.0516704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6056  DNA repair and genetic recombination  34.92 
 
 		 570 aa  294  3e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0143027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25450  DNA replication and repair protein RecN  34.49 
 
 		 593 aa  293  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3288  DNA repair protein RecN  35.62 
 
 		 591 aa  291  3e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2381  DNA repair protein RecN  36.09 
 
 		 590 aa  290  6e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3507  DNA repair protein RecN  34.93 
 
 		 598 aa  290  7e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0691312 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3158  DNA repair protein RecN  34.82 
 
 		 584 aa  288  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0998846  normal  0.788962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2482  DNA repair protein RecN  35.82 
 
 		 584 aa  288  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315988  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2949  DNA repair protein RecN  34.66 
 
 		 590 aa  286  8e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2993  DNA repair protein RecN  34.66 
 
 		 590 aa  286  8e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.311205  normal  0.473383 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1904  DNA repair protein RecN  34.71 
 
 		 585 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0641483  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2964  DNA repair protein RecN  34.99 
 
 		 587 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1753  DNA repair protein RecN  34.83 
 
 		 583 aa  285  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.391848  hitchhiker  0.000930146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1913  DNA repair protein RecN  33.83 
 
 		 585 aa  282  1e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0988612  normal  0.166083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22130  DNA replication and repair protein RecN  35.62 
 
 		 583 aa  281  2e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11711  DNA repair protein recN  33.78 
 
 		 587 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.31285  normal  0.395213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2826  DNA repair protein RecN  34.63 
 
 		 590 aa  273  7e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.327916  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5439  DNA repair protein RecN  34.87 
 
 		 592 aa  272  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4072  DNA repair protein RecN  34.21 
 
 		 588 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0367674  normal  0.136098 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3147  DNA repair protein RecN  34.22 
 
 		 611 aa  271  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.0041532  normal  0.691504 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1659  DNA repair protein RecN  35.71 
 
 		 578 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0674828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14210  DNA repair protein RecN  34.96 
 
 		 580 aa  268  2.9999999999999995e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0453265  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3010  DNA repair protein RecN  35.14 
 
 		 610 aa  266  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1178  DNA repair protein RecN  30.88 
 
 		 559 aa  258  2e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000946399  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1245  DNA repair protein RecN  33.89 
 
 		 592 aa  257  5e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.790366 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13670  DNA repair protein RecN  32.23 
 
 		 590 aa  254  4.0000000000000004e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.325794  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1666  DNA repair protein RecN  30.9 
 
 		 577 aa  248  2e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2627  DNA repair protein RecN  29.53 
 
 		 574 aa  243  7.999999999999999e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.434189  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2355  DNA repair protein RecN  33.33 
 
 		 612 aa  242  1e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.887863  hitchhiker  0.00822868 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05390  DNA repair protein RecN  32.45 
 
 		 578 aa  237  3e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.256403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0930  ATPase for DNA repair  29.93 
 
 		 555 aa  235  1.0000000000000001e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2579  DNA repair protein RecN  29.34 
 
 		 562 aa  229  8e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.183283 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1773  DNA repair protein RecN  30.91 
 
 		 553 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000824865 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  30.02 
 
 		 559 aa  228  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2096  DNA repair protein RecN  32.03 
 
 		 523 aa  227  4e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0942  DNA repair protein RecN  28.86 
 
 		 554 aa  227  4e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  30.27 
 
 		 553 aa  227  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  30.27 
 
 		 553 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  30.27 
 
 		 553 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  30.27 
 
 		 553 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  30.27 
 
 		 553 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2444  DNA repair protein RecN  31.25 
 
 		 553 aa  225  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0113802  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3005  recombination and repair protein  29.39 
 
 		 553 aa  226  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658292  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  29.56 
 
 		 553 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  29.56 
 
 		 553 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  29.56 
 
 		 553 aa  225  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  29.56 
 
 		 553 aa  225  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  29.39 
 
 		 553 aa  224  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02504  recombination and repair protein  29.39 
 
 		 553 aa  223  9e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0788874  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0119  DNA repair protein RecN  29.95 
 
 		 599 aa  223  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0361  DNA repair protein RecN  29.87 
 
 		 601 aa  223  9e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00213355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  29.39 
 
 		 553 aa  223  9e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2768  recombination and repair protein  29.39 
 
 		 553 aa  222  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00054696  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0814  DNA repair protein RecN  27.99 
 
 		 570 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0474  DNA repair protein RecN  31.53 
 
 		 543 aa  220  5e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.51796 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2316  DNA repair protein RecN  27.74 
 
 		 573 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06570  DNA repair protein RecN  28.24 
 
 		 565 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000129264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1896  DNA repair protein RecN  28.67 
 
 		 567 aa  216  8e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000247727  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1301  DNA repair protein RecN  28.01 
 
 		 561 aa  216  9e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1769  DNA repair protein RecN  29.61 
 
 		 557 aa  216  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1179  DNA repair and genetic recombination protein  28.96 
 
 		 556 aa  215  1.9999999999999998e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14810  DNA repair protein RecN  31.75 
 
 		 536 aa  214  3.9999999999999995e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0277816 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1233  DNA repair ATPase  28.15 
 
 		 551 aa  213  5.999999999999999e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.337705  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2064  DNA repair protein RecN  28.43 
 
 		 558 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.488529  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2680  DNA repair protein RecN  28.26 
 
 		 554 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1544  DNA repair protein RecN  27.01 
 
 		 566 aa  213  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1578  DNA repair protein RecN  29.68 
 
 		 556 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  28.47 
 
 		 553 aa  211  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0756  DNA repair ATPase  28.91 
 
 		 562 aa  210  6e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.00000000414406  hitchhiker  0.0000280252 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  29.08 
 
 		 553 aa  210  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3483  DNA repair protein RecN  28.93 
 
 		 555 aa  210  7e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1084  DNA repair protein RecN  28.93 
 
 		 565 aa  210  7e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000955113  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  29.08 
 
 		 553 aa  210  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  29.08 
 
 		 553 aa  209  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  28.96 
 
 		 553 aa  209  9e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2491  DNA repair protein RecN  31.34 
 
 		 571 aa  208  2e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1335  DNA repair protein RecN  27.26 
 
 		 551 aa  207  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  27.44 
 
 		 560 aa  207  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  28.28 
 
 		 553 aa  207  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1453  DNA repair protein RecN  29.83 
 
 		 557 aa  206  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0975706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1691  DNA repair protein RecN  27.57 
 
 		 557 aa  206  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.893605  hitchhiker  0.00244544 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  26.53 
 
 		 556 aa  206  8e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  26.53 
 
 		 608 aa  206  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  28.84 
 
 		 556 aa  206  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1599  DNA repair ATPase  28.16 
 
 		 555 aa  206  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  29.2 
 
 		 554 aa  205  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4026  DNA repair protein RecN  27.8 
 
 		 579 aa  205  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0028037  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  29.2 
 
 		 554 aa  205  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0587  DNA repair and genetic recombination protein  28.69 
 
 		 560 aa  205  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>