More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2897 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02504  recombination and repair protein  91.68 
 
 
553 aa  1040    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0788874  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1059  DNA repair protein RecN  91.5 
 
 
553 aa  1039    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0987529  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0963  recombination and repair protein  73.24 
 
 
553 aa  800    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0199907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1376  recombination and repair protein  73.96 
 
 
553 aa  847    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100313  normal  0.0248594 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2829  recombination and repair protein  99.82 
 
 
553 aa  1123    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00407233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2768  recombination and repair protein  91.68 
 
 
553 aa  1043    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00054696  normal  0.107417 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3011  recombination and repair protein  99.82 
 
 
553 aa  1122    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2976  recombination and repair protein  73.96 
 
 
553 aa  847    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0819489  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  91.32 
 
 
553 aa  1040    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3096  recombination and repair protein  85.71 
 
 
553 aa  972    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.316238  normal  0.467754 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3218  recombination and repair protein  71.61 
 
 
553 aa  801    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2879  recombination and repair protein  100 
 
 
553 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.158329 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  91.32 
 
 
553 aa  1038    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02468  hypothetical protein  91.68 
 
 
553 aa  1040    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116899  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3298  recombination and repair protein  72.15 
 
 
553 aa  796    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0728  recombination and repair protein  73.78 
 
 
553 aa  805    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  91.5 
 
 
553 aa  1039    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  91.5 
 
 
553 aa  1039    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2889  recombination and repair protein  73.96 
 
 
553 aa  847    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000988342  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2897  recombination and repair protein  100 
 
 
553 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3005  recombination and repair protein  90.96 
 
 
553 aa  1031    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2899  recombination and repair protein  100 
 
 
553 aa  1125    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3686  recombination and repair protein  77.58 
 
 
553 aa  868    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00128842  normal  0.127979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  57.53 
 
 
552 aa  629  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  57.35 
 
 
552 aa  627  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  57.17 
 
 
552 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  57.35 
 
 
552 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  56.99 
 
 
552 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  57.35 
 
 
553 aa  621  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  56.99 
 
 
552 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  56.99 
 
 
552 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  56.99 
 
 
552 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  57.17 
 
 
552 aa  621  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  57.53 
 
 
554 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  56.96 
 
 
554 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  56.42 
 
 
554 aa  609  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  57.32 
 
 
554 aa  609  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  56.26 
 
 
553 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  57.71 
 
 
553 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1151  recombination and repair protein  56.08 
 
 
554 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.901201  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1043  recombination and repair protein  54.26 
 
 
552 aa  595  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  56.26 
 
 
553 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  53.43 
 
 
565 aa  583  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0914  DNA repair protein RecN  51.53 
 
 
558 aa  531  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.473015  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3825  DNA repair protein RecN  46.52 
 
 
561 aa  511  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321139  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1714  DNA repair protein RecN  47.85 
 
 
557 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02270  DNA repair ATPase RecN  48.11 
 
 
561 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0651  DNA repair protein  47.93 
 
 
559 aa  484  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0968  DNA repair protein RecN  45.93 
 
 
567 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.858596  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  45.31 
 
 
558 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  45.02 
 
 
559 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  45.31 
 
 
558 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  45.32 
 
 
558 aa  438  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  44.02 
 
 
557 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  44.38 
 
 
557 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  45.7 
 
 
557 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1107  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0249547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2333  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3329  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3319  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3286  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0539815  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0492  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2214  DNA repair protein RecN  45.42 
 
 
549 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.725261  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4729  DNA repair protein RecN  44.4 
 
 
557 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0703  DNA repair protein RecN  44.22 
 
 
557 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926549  hitchhiker  0.000359109 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  42.39 
 
 
559 aa  427  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4595  DNA repair protein RecN  44.22 
 
 
557 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.202375 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4730  DNA repair protein RecN  44.22 
 
 
557 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46357  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  44.02 
 
 
557 aa  425  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  40.83 
 
 
556 aa  425  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  40.83 
 
 
608 aa  423  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1300  DNA repair protein RecN  44.7 
 
 
549 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00383913  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3966  DNA repair protein RecN  42.75 
 
 
556 aa  422  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2421  DNA repair protein RecN  43.24 
 
 
563 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.955613  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0713  DNA repair protein RecN  44.17 
 
 
549 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.685992  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  42.47 
 
 
557 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0259  DNA repair protein RecN  44.39 
 
 
549 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255628  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0661  DNA repair protein RecN  44.34 
 
 
549 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0743  DNA repair protein RecN  44.39 
 
 
549 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  44.09 
 
 
549 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0637  DNA repair protein RecN  44.17 
 
 
549 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1860  DNA repair protein RecN  42.34 
 
 
558 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.457848  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2505  DNA repair protein RecN  44.56 
 
 
555 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1034  DNA repair protein RecN  44.15 
 
 
576 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3831  DNA repair protein RecN  43.27 
 
 
549 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1904  DNA repair protein RecN  42.6 
 
 
564 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2482  DNA repair protein RecN  43.24 
 
 
568 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2739  DNA repair protein recN  41.01 
 
 
555 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  42.06 
 
 
557 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2888  DNA repair protein RecN  42.88 
 
 
568 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2877  DNA repair protein recN  40.47 
 
 
555 aa  398  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  42.42 
 
 
556 aa  396  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0998  DNA repair protein RecN  42.66 
 
 
589 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  42.31 
 
 
556 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0932  DNA repair protein RecN  41.19 
 
 
557 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  42.5 
 
 
591 aa  395  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0456  DNA repair protein RecN  42.16 
 
 
553 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3968  DNA repair protein RecN  43.24 
 
 
556 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.039947 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2651  DNA repair protein  43.19 
 
 
569 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  41.4 
 
 
552 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>