259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0296 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 232 aa  465  9.999999999999999e-131  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  87.07 
 
 		 232 aa  390  1e-107  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  65.8 
 
 		 233 aa  311  6.999999999999999e-84  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  62.5 
 
 		 232 aa  285  5.999999999999999e-76  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  59.19 
 
 		 227 aa  268  5.9999999999999995e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  57.6 
 
 		 223 aa  247  1e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  54.3 
 
 		 224 aa  246  2e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  52.97 
 
 		 226 aa  233  1.0000000000000001e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0630  ribose-5-phosphate isomerase  49.33 
 
 		 229 aa  221  6e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  46.93 
 
 		 228 aa  221  9e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0557  ribose-5-phosphate isomerase A  49.11 
 
 		 232 aa  218  7e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.586546  hitchhiker  0.000000236181 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  50.94 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  48.26 
 
 		 262 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  47.83 
 
 		 262 aa  198  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  47.84 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  45.54 
 
 		 262 aa  188  8e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  46.72 
 
 		 262 aa  188  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  45.19 
 
 		 260 aa  186  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  47.73 
 
 		 220 aa  185  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  46.82 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  46.82 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  46.82 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  46.36 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  45.91 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  46.82 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  46.36 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  46.29 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  47.44 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  44.64 
 
 		 230 aa  181  6e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  43.91 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  45.92 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  45 
 
 		 220 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  43.48 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  45.33 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  44.35 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  44.44 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  45.06 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  45.06 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  42.67 
 
 		 232 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  43.78 
 
 		 232 aa  171  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  41.51 
 
 		 228 aa  171  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  43.78 
 
 		 287 aa  171  7.999999999999999e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  45.37 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  43.06 
 
 		 221 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  45.37 
 
 		 232 aa  168  8e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  42.86 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  42.99 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  43.91 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  42.86 
 
 		 229 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  43.64 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  47.85 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 220 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  42.99 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  44.08 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  42.13 
 
 		 233 aa  161  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  42.79 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  42.67 
 
 		 219 aa  161  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  40.53 
 
 		 230 aa  161  9e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  47.52 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0898  ribose-5-phosphate isomerase A  41.52 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000872466 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  41.96 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  41.23 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0773  ribose-5-phosphate isomerase A  42.34 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  42.99 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  42.73 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0974  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.461351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0816  ribose-5-phosphate isomerase A  40.89 
 
 		 219 aa  159  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1150  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  44.29 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  46.41 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  43.98 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  41.53 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  40.44 
 
 		 220 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  42.6 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  40.81 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  43.06 
 
 		 237 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  41.4 
 
 		 236 aa  155  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  38.84 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1386  ribose 5-phosphate isomerase  42.34 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  43.05 
 
 		 218 aa  155  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  47.72 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4263  ribose-5-phosphate isomerase A  43.72 
 
 		 237 aa  154  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  41.67 
 
 		 232 aa  154  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4323  ribose-5-phosphate isomerase A  43.72 
 
 		 237 aa  154  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0000328743  normal  0.0305094 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  42.22 
 
 		 219 aa  154  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  38.39 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>