260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0120 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 		 241 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  65.68 
 
 		 236 aa  294  7e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  60.17 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  59.31 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  58.87 
 
 		 232 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 		 231 aa  248  8e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  58.87 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  57.14 
 
 		 232 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  59.31 
 
 		 232 aa  246  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  59.31 
 
 		 232 aa  245  4e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  54.87 
 
 		 253 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  63.78 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  60.53 
 
 		 230 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  62.69 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  62.79 
 
 		 235 aa  231  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  60.09 
 
 		 236 aa  229  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  59.62 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  59.15 
 
 		 236 aa  224  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  57.58 
 
 		 232 aa  218  7.999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  55.2 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  57.76 
 
 		 232 aa  217  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  55.2 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  56.25 
 
 		 232 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  58.18 
 
 		 235 aa  209  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  47.83 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  53.33 
 
 		 232 aa  206  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  49.56 
 
 		 260 aa  198  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  45.58 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  52.68 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  49.76 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  49.35 
 
 		 262 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  51.12 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  52.7 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  50 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  52.47 
 
 		 262 aa  188  8e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  46.36 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  44.59 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 220 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 220 aa  186  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  44.64 
 
 		 221 aa  185  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  51.14 
 
 		 250 aa  185  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  47.14 
 
 		 262 aa  184  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  45.05 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  44.14 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  46.33 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  47.11 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  47.14 
 
 		 223 aa  178  5.999999999999999e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  45.61 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  49.11 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  45.87 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  49.36 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  45.58 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  45.05 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  48.23 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  43.67 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  44.39 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2355  ribose 5-phosphate isomerase  47.77 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  47.62 
 
 		 236 aa  168  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  43.36 
 
 		 226 aa  168  6e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  46.26 
 
 		 237 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  47.14 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  45.61 
 
 		 220 aa  165  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  42.55 
 
 		 287 aa  165  5.9999999999999996e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  44.54 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1813  ribose 5-phosphate isomerase  44.49 
 
 		 230 aa  162  6e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  42.99 
 
 		 227 aa  161  1e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  41.92 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  45.76 
 
 		 231 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  42.19 
 
 		 232 aa  158  9e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  41.85 
 
 		 233 aa  158  9e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0364  ribose-5-phosphate isomerase A  43.4 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.972448  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0832  ribose 5-phosphate isomerase  40.77 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1272  ribose 5-phosphate isomerase  48 
 
 		 424 aa  151  8e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  41.98 
 
 		 232 aa  151  8.999999999999999e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3758  ribose 5-phosphate isomerase  41.81 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  42.36 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1945  ribose 5-phosphate isomerase  40.95 
 
 		 250 aa  149  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0485  ribose-5-phosphate isomerase A  40.83 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.377654  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0355  ribose-5-phosphate isomerase  41.44 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0918  ribose 5-phosphate isomerase  43.07 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000000360061  hitchhiker  0.000000000600867 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1386  ribose 5-phosphate isomerase  44.5 
 
 		 227 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0737  ribose-5-phosphate isomerase A  40.65 
 
 		 234 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  40 
 
 		 237 aa  145  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16111  ribose-5-phosphate isomerase A  38.18 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  37.12 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0842  ribose-5-phosphate isomerase A  43.48 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0960  ribose-5-phosphate isomerase A  43.48 
 
 		 215 aa  142  5e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0969642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  38.1 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  39.74 
 
 		 218 aa  142  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  39.62 
 
 		 219 aa  142  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>