260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2055 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 232 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  89.66 
 
 		 232 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  83.19 
 
 		 232 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  77.06 
 
 		 232 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  75.66 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  76.62 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  75.32 
 
 		 232 aa  311  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  65.2 
 
 		 232 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  64.76 
 
 		 232 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  64.76 
 
 		 232 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  65.91 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  61.3 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  60.35 
 
 		 253 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  57.83 
 
 		 231 aa  251  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  66.18 
 
 		 235 aa  251  7e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  59.57 
 
 		 231 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  60.87 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  62.15 
 
 		 241 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  58.7 
 
 		 232 aa  245  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  60.66 
 
 		 236 aa  242  3.9999999999999997e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  66.33 
 
 		 237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  60.26 
 
 		 236 aa  233  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  61.9 
 
 		 235 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  60 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  60 
 
 		 236 aa  226  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  51.93 
 
 		 233 aa  223  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  53.18 
 
 		 262 aa  206  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  52.7 
 
 		 233 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  45.98 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  51.82 
 
 		 260 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  50.88 
 
 		 262 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  55.75 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  45.98 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  46.43 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  46.88 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  46.43 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  46.43 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  46.43 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  45.98 
 
 		 220 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  45.98 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  54.05 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  53.6 
 
 		 262 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  45.98 
 
 		 220 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  49.79 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  46.29 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  44.35 
 
 		 236 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  44.17 
 
 		 287 aa  185  5e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  47.91 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  49.36 
 
 		 234 aa  184  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  43.91 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  49.78 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  47.44 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  47.37 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  44.35 
 
 		 236 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  45.54 
 
 		 221 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  47.62 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  47.64 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  44.73 
 
 		 250 aa  175  5e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  45.41 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  43.72 
 
 		 237 aa  175  7e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  45.45 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  43.97 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  49.35 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  45.19 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  50.72 
 
 		 241 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1813  ribose 5-phosphate isomerase  47.21 
 
 		 230 aa  169  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  43.75 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  43.23 
 
 		 231 aa  168  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  43.81 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  41.99 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  43.04 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  48.93 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4401  ribose 5-phosphate isomerase  42.2 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0228228  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  41.92 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  44.3 
 
 		 218 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1014  ribose-5-phosphate isomerase A  42.66 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000356183 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  41.1 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  43.1 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  39.45 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  40.95 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  46.72 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  40.52 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0601  ribose-5-phosphate isomerase A  39.66 
 
 		 239 aa  155  4e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  41.28 
 
 		 219 aa  155  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  45.28 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  40.77 
 
 		 220 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  43.88 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  43.35 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16111  ribose-5-phosphate isomerase A  38.33 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2355  ribose 5-phosphate isomerase  44.89 
 
 		 234 aa  153  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  43.67 
 
 		 236 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  43.91 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>