260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4777 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 		 235 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  85.84 
 
 		 235 aa  350  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  68.52 
 
 		 232 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  74.18 
 
 		 236 aa  275  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  74.18 
 
 		 236 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  66.21 
 
 		 232 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  70.34 
 
 		 236 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  67.13 
 
 		 232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  65.3 
 
 		 232 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  67.12 
 
 		 232 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  65.74 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  65.28 
 
 		 232 aa  265  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  72.15 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  68.2 
 
 		 230 aa  261  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  65.58 
 
 		 253 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  58.11 
 
 		 231 aa  256  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  69.12 
 
 		 232 aa  255  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  68.18 
 
 		 232 aa  254  9e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  61.5 
 
 		 236 aa  251  5.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  61.19 
 
 		 231 aa  251  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  62.04 
 
 		 232 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  63.24 
 
 		 232 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  61.84 
 
 		 241 aa  244  8e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  58.3 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  54.87 
 
 		 233 aa  235  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  64.35 
 
 		 235 aa  231  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  53.88 
 
 		 262 aa  221  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  57.87 
 
 		 250 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  58.33 
 
 		 262 aa  214  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  57.87 
 
 		 262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  51.72 
 
 		 262 aa  209  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  59.82 
 
 		 234 aa  208  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  52.4 
 
 		 233 aa  205  6e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  49.57 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  45.41 
 
 		 220 aa  198  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  197  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  46.76 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  44.95 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  57.53 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  54.88 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  47.22 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  53.05 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  49.78 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  45.83 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  48.84 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  48.61 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  48.15 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  41.85 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  47.47 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  48.15 
 
 		 236 aa  177  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  52.51 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  47 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  45.62 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  43.42 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  52.84 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  45.33 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  46.08 
 
 		 223 aa  170  1e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1813  ribose 5-phosphate isomerase  50 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0918  ribose 5-phosphate isomerase  45.91 
 
 		 237 aa  169  5e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000000360061  hitchhiker  0.000000000600867 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  41.12 
 
 		 225 aa  168  7e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  53.51 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  43.58 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  40.81 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  52.68 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  41.96 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  48.06 
 
 		 232 aa  166  4e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  47.79 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2355  ribose 5-phosphate isomerase  47.25 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  42.11 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1386  ribose 5-phosphate isomerase  49.76 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0630  ribose-5-phosphate isomerase  45.05 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0355  ribose-5-phosphate isomerase  41.94 
 
 		 222 aa  159  4e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3758  ribose 5-phosphate isomerase  46.81 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0364  ribose-5-phosphate isomerase A  47.89 
 
 		 206 aa  158  5e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.972448  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  43.58 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  46.54 
 
 		 232 aa  158  6e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  45.21 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  43.97 
 
 		 250 aa  156  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18901  ribose-5-phosphate isomerase A  41.48 
 
 		 236 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  48.43 
 
 		 228 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  40.93 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_002620  TC0485  ribose-5-phosphate isomerase A  41.23 
 
 		 239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.377654  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1020  ribose-5-phosphate isomerase A  41.05 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  45.5 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1014  ribose-5-phosphate isomerase A  41.55 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000356183 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  39.66 
 
 		 236 aa  151  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0832  ribose 5-phosphate isomerase  46.26 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  40.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1945  ribose 5-phosphate isomerase  44.68 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  48.36 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>