260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2738 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 260 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  71.21 
 
 		 262 aa  374  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  68.85 
 
 		 262 aa  374  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  65.38 
 
 		 262 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  65 
 
 		 262 aa  345  5e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  65 
 
 		 250 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  58.8 
 
 		 241 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  53.6 
 
 		 232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  52.68 
 
 		 231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  51.54 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  51.54 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  51.9 
 
 		 236 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  52.27 
 
 		 232 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  51.52 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  51.82 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  45.78 
 
 		 220 aa  196  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  44.75 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  46.88 
 
 		 221 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  47.68 
 
 		 228 aa  195  6e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  46.9 
 
 		 229 aa  195  7e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  45.98 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  45.78 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  46.52 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  44.89 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  44.89 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  45.33 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  44.89 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  44.89 
 
 		 220 aa  191  9e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  44.89 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  48 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  46.09 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  49.77 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  50.22 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  48.18 
 
 		 253 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  50.93 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  48.44 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  49.78 
 
 		 232 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  44.44 
 
 		 220 aa  188  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  49.3 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  45.19 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  48.44 
 
 		 235 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  46.15 
 
 		 233 aa  182  3e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  48.64 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  48.21 
 
 		 230 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  46.15 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  50.45 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  46.52 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  49.55 
 
 		 232 aa  179  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  43.97 
 
 		 226 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  46.88 
 
 		 234 aa  178  7e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  47.58 
 
 		 226 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  43.3 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  46.4 
 
 		 227 aa  176  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  52.4 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  52.15 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  51.21 
 
 		 236 aa  175  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  46.51 
 
 		 224 aa  175  8e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  44.13 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  46.19 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0630  ribose-5-phosphate isomerase  45.33 
 
 		 229 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  53.06 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  43.69 
 
 		 224 aa  170  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  42.06 
 
 		 237 aa  168  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1924  ribose-5-phosphate isomerase A  42.38 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  43.51 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  41.56 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  48.08 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  41 
 
 		 236 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1272  ribose 5-phosphate isomerase  46.12 
 
 		 424 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16931  ribose-5-phosphate isomerase A  41.89 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.659896  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16691  ribose-5-phosphate isomerase A  39.56 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  39.67 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  39.34 
 
 		 237 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16801  ribose-5-phosphate isomerase A  40.54 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  41.99 
 
 		 232 aa  158  9e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  42.67 
 
 		 231 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  38.96 
 
 		 225 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18901  ribose-5-phosphate isomerase A  40.87 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0601  ribose-5-phosphate isomerase A  42.49 
 
 		 239 aa  155  8e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  43.22 
 
 		 228 aa  155  8e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1020  ribose-5-phosphate isomerase A  40.43 
 
 		 236 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  37.45 
 
 		 236 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1582  ribose-5-phosphate isomerase A  38.03 
 
 		 237 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  41.99 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  41.41 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2361  ribose-5-phosphate isomerase A  39.32 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2404  ribose-5-phosphate isomerase A  39.32 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.484551  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2071  ribose-5-phosphate isomerase A  40.51 
 
 		 239 aa  151  8e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16111  ribose-5-phosphate isomerase A  40.18 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4401  ribose 5-phosphate isomerase  39.39 
 
 		 236 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0228228  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0557  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.586546  hitchhiker  0.000000236181 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0737  ribose-5-phosphate isomerase A  40.37 
 
 		 234 aa  148  8e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4263  ribose-5-phosphate isomerase A  39.66 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4323  ribose-5-phosphate isomerase A  39.66 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0000328743  normal  0.0305094 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  41.67 
 
 		 237 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  41.81 
 
 		 250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3758  ribose 5-phosphate isomerase  42.19 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  41.7 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1014  ribose-5-phosphate isomerase A  38.66 
 
 		 237 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000356183 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04321  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>