259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3668 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 		 241 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  61.78 
 
 		 262 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  61.33 
 
 		 262 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  61.33 
 
 		 250 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  58.08 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  58.67 
 
 		 262 aa  244  6.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  55.56 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  57.92 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  57.47 
 
 		 232 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  57.62 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  51.57 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  49.56 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  46.75 
 
 		 236 aa  191  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  51.36 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  46.32 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  46.29 
 
 		 232 aa  189  4e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  51.82 
 
 		 232 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  48.4 
 
 		 233 aa  187  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  51.36 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  54.15 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  49.07 
 
 		 224 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  51.12 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  54.98 
 
 		 235 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  59.09 
 
 		 237 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  49.56 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  44.8 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  49.52 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  44.3 
 
 		 233 aa  178  4.999999999999999e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  50.67 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  53.04 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  51.98 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  44.87 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  46.32 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  49.11 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  45.7 
 
 		 221 aa  175  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  48.44 
 
 		 232 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  43.89 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  54.33 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  47.16 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  43.75 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  44.2 
 
 		 227 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0773  ribose-5-phosphate isomerase A  43.95 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  54.33 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  42.53 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  50.66 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  48.11 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  51.83 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  48.92 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  44.93 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  42.04 
 
 		 220 aa  167  9e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  50.43 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0630  ribose-5-phosphate isomerase  46.15 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3172  ribose-5-phosphate isomerase A  46.19 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000119235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  50.45 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  42.54 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  48.51 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  43.05 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  45.89 
 
 		 229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  42.73 
 
 		 223 aa  163  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  47.79 
 
 		 226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  41.41 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16111  ribose-5-phosphate isomerase A  40.72 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1272  ribose 5-phosphate isomerase  49.78 
 
 		 424 aa  158  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  41.95 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1813  ribose 5-phosphate isomerase  47.51 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  40.45 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18901  ribose-5-phosphate isomerase A  39.82 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1924  ribose-5-phosphate isomerase A  39.52 
 
 		 230 aa  154  9e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  40.36 
 
 		 224 aa  154  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1020  ribose-5-phosphate isomerase A  39.38 
 
 		 236 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  39.47 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  41.07 
 
 		 228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  40.18 
 
 		 230 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  45.85 
 
 		 237 aa  151  8.999999999999999e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  45.25 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  40.81 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0601  ribose-5-phosphate isomerase A  40.53 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  44.92 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0557  ribose-5-phosphate isomerase A  40 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.586546  hitchhiker  0.000000236181 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1014  ribose-5-phosphate isomerase A  39.65 
 
 		 237 aa  148  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000356183 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16691  ribose-5-phosphate isomerase A  37.78 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  39.19 
 
 		 225 aa  148  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2071  ribose-5-phosphate isomerase A  40.53 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2404  ribose-5-phosphate isomerase A  39.32 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.484551  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2361  ribose-5-phosphate isomerase A  39.32 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4323  ribose-5-phosphate isomerase A  39.57 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0000328743  normal  0.0305094 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4263  ribose-5-phosphate isomerase A  39.57 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0569  ribose 5-phosphate isomerase  38.76 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.156569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16931  ribose-5-phosphate isomerase A  37.9 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.659896  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0962  ribose 5-phosphate isomerase  40 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000464463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1106  ribose-5-phosphate isomerase  40 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4401  ribose 5-phosphate isomerase  39.91 
 
 		 236 aa  141  8e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0228228  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  44.39 
 
 		 231 aa  141  9e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1582  ribose-5-phosphate isomerase A  36.73 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0364  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.972448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>