260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2194 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 232 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  83.19 
 
 		 232 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  81.9 
 
 		 232 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  76.19 
 
 		 232 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  72.81 
 
 		 230 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  73.59 
 
 		 232 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  74.03 
 
 		 232 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  62.34 
 
 		 232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  62.34 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  63.16 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  66.82 
 
 		 235 aa  259  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  61.67 
 
 		 253 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  61.3 
 
 		 232 aa  255  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  60 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  67.16 
 
 		 235 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  59.57 
 
 		 231 aa  248  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  61.3 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  56.52 
 
 		 231 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  62.91 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  66.84 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  57.27 
 
 		 236 aa  234  8e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  58.41 
 
 		 241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  61.5 
 
 		 236 aa  231  9e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  61.5 
 
 		 236 aa  229  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  60 
 
 		 235 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  52.59 
 
 		 233 aa  224  8e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  48.02 
 
 		 230 aa  209  2e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  48.21 
 
 		 220 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  201  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  48.66 
 
 		 220 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  53.18 
 
 		 262 aa  200  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  52.49 
 
 		 233 aa  201  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  48.21 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  46.88 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  46.72 
 
 		 224 aa  194  7e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0308  ribose 5-phosphate isomerase  52.81 
 
 		 237 aa  191  8e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  48.21 
 
 		 221 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  48.25 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  51.07 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  49.55 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  53.1 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_50995  predicted protein  43.33 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  50.66 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  46.67 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  52.04 
 
 		 262 aa  184  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  48.07 
 
 		 229 aa  184  8e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  51.58 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  46.72 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  48.64 
 
 		 260 aa  182  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  45.92 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  46.58 
 
 		 233 aa  177  9e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  41.99 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  47.12 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  48.13 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  45.05 
 
 		 224 aa  176  4e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  41.56 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  52.58 
 
 		 241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0733  ribose-5-phosphate isomerase A  49.79 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.851526  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  43.88 
 
 		 250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  41.3 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  41.99 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2528  ribose-5-phosphate isomerase A  41.99 
 
 		 237 aa  168  9e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.154355 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1813  ribose 5-phosphate isomerase  47.41 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  44.5 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  46.19 
 
 		 232 aa  166  4e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  46.29 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  42.06 
 
 		 227 aa  164  8e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1349  ribose 5-phosphate isomerase  46.52 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.047418  normal  0.22683 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2177  ribose 5-phosphate isomerase  44.49 
 
 		 225 aa  163  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2355  ribose 5-phosphate isomerase  45.54 
 
 		 234 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  43.04 
 
 		 220 aa  161  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3758  ribose 5-phosphate isomerase  46.9 
 
 		 235 aa  161  9e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4401  ribose 5-phosphate isomerase  43.58 
 
 		 236 aa  161  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0228228  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1386  ribose 5-phosphate isomerase  47.44 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  42.92 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0832  ribose 5-phosphate isomerase  44.54 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  43.97 
 
 		 241 aa  159  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  42.49 
 
 		 223 aa  159  5e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  46.52 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0630  ribose-5-phosphate isomerase  42.67 
 
 		 229 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  42.67 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2632  ribose-5-phosphate isomerase A  45.76 
 
 		 240 aa  155  4e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  41.89 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1945  ribose 5-phosphate isomerase  44.74 
 
 		 250 aa  155  7e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4491  ribose-5-phosphate isomerase A  41.18 
 
 		 236 aa  155  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.57305 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1014  ribose-5-phosphate isomerase A  42.34 
 
 		 237 aa  154  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000356183 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1265  ribose 5-phosphate isomerase  44.21 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141047  normal  0.125756 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0601  ribose-5-phosphate isomerase A  41.77 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  40.09 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  42.86 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  41.2 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>