260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2769 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2769  ribose 5-phosphate isomerase  100 
 
 		 236 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2690  ribose 5-phosphate isomerase A  99.15 
 
 		 236 aa  483  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1518  ribose 5-phosphate isomerase A  99.15 
 
 		 236 aa  482  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.123747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1960  ribose-5-phosphate isomerase A  46.96 
 
 		 262 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.679373  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0359  ribose-5-phosphate isomerase A  48 
 
 		 262 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3386  ribose-5-phosphate isomerase A  46.75 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2738  ribose-5-phosphate isomerase A  46.52 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.46075  normal  0.02596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3175  ribose-5-phosphate isomerase A  45.61 
 
 		 262 aa  192  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1094  ribose 5-phosphate isomerase  44.16 
 
 		 231 aa  191  6e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0883  ribose-5-phosphate isomerase A  47.83 
 
 		 250 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2003  ribose-5-phosphate isomerase A  47.56 
 
 		 262 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0972  ribose-5-phosphate isomerase A  47.93 
 
 		 233 aa  189  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.719291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2055  ribose-5-phosphate isomerase A  44.35 
 
 		 232 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3668  ribose 5-phosphate isomerase  47.71 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2596  ribose-5-phosphate isomerase A  44.76 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000910878  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0548  ribose 5-phosphate isomerase  44.2 
 
 		 230 aa  182  6e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2602  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2521  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  180  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0534572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2801  ribose-5-phosphate isomerase A  42.18 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0463731  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2843  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0251436  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2791  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.091701  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2798  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000176724 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2554  ribose-5-phosphate isomerase A  43.33 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.101857  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0296  ribose 5-phosphate isomerase A  43.91 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2491  ribose-5-phosphate isomerase A  41.4 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119012  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1573  ribose-5-phosphate isomerase A  42.74 
 
 		 231 aa  178  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689675  normal  0.86035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2194  ribose-5-phosphate isomerase A  41.99 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2822  ribose-5-phosphate isomerase A  42.86 
 
 		 220 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00225533  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2076  ribose-5-phosphate isomerase A  43.72 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4777  ribose 5-phosphate isomerase  48.02 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.485303  normal  0.318905 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0120  ribose 5-phosphate isomerase  46.08 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0089  ribose 5-phosphate isomerase  42.61 
 
 		 228 aa  169  5e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0309119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0762  ribose 5-phosphate isomerase  41.9 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0602  ribose-5-phosphate isomerase A  41.85 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.590497  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1459  ribose-5-phosphate isomerase A  42.92 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0298  ribose-5-phosphate isomerase A  40.17 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2092  ribose-5-phosphate isomerase A  41.85 
 
 		 232 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1611  ribose-5-phosphate isomerase A  43.93 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2081  ribose-5-phosphate isomerase A  42.79 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627324  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2232  ribose-5-phosphate isomerase A  43.46 
 
 		 232 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184445  normal  0.665669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2013  ribose-5-phosphate isomerase A  43.46 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2538  ribose-5-phosphate isomerase A  43.87 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0159  ribose-5-phosphate isomerase A  40.99 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2699  ribose 5-phosphate isomerase  50 
 
 		 237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581226  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16111  ribose-5-phosphate isomerase A  37.72 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4669  ribose 5-phosphate isomerase  44.34 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.660296  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2254  ribose 5-phosphate isomerase  48.57 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0912501  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1457  ribose 5-phosphate isomerase  41.23 
 
 		 229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1750  ribose-5-phosphate isomerase A  42.17 
 
 		 232 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1010  ribose-5-phosphate isomerase A  40.53 
 
 		 232 aa  161  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0976  ribose-5-phosphate isomerase A  40.53 
 
 		 232 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0309231  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1221  ribose-5-phosphate isomerase A  44.74 
 
 		 232 aa  161  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3221  ribose 5-phosphate isomerase  39.32 
 
 		 253 aa  161  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0879  ribose 5-phosphate isomerase  44.08 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.439835  normal  0.0991517 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18901  ribose-5-phosphate isomerase A  39.65 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2298  ribose 5-phosphate isomerase  47.37 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.00166171  hitchhiker  0.00629248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2573  ribose 5-phosphate isomerase  47.37 
 
 		 236 aa  159  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1480  ribose-5-phosphate isomerase A  44.3 
 
 		 232 aa  158  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1020  ribose-5-phosphate isomerase A  39.21 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0601  ribose-5-phosphate isomerase A  39.08 
 
 		 239 aa  157  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0154  ribose-5-phosphate isomerase  41.28 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3483  ribose-5-phosphate isomerase A  41.15 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  0.98365 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2071  ribose-5-phosphate isomerase A  39.08 
 
 		 239 aa  155  6e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1183  ribose-5-phosphate isomerase A  43.2 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1582  ribose-5-phosphate isomerase A  39.22 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0737  ribose-5-phosphate isomerase A  39.64 
 
 		 234 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1078  ribose-5-phosphate isomerase A  39.91 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0223389  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04321  ribose-5-phosphate isomerase A  39.91 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16691  ribose-5-phosphate isomerase A  38.71 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16801  ribose-5-phosphate isomerase A  39.65 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0793  ribose-5-phosphate isomerase  39.73 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16931  ribose-5-phosphate isomerase A  39.65 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.659896  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3283  ribose-5-phosphate isomerase A  42.04 
 
 		 215 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0717446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02384  ribose-5-phosphate isomerase A  41.55 
 
 		 215 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  38.33 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12567  predicted protein  35.98 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.318022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4885  ribose-5-phosphate isomerase A  40.59 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1924  ribose-5-phosphate isomerase A  37.32 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  39.91 
 
 		 220 aa  145  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202684  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  40 
 
 		 218 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0584  ribose-5-phosphate isomerase A  37.5 
 
 		 241 aa  145  7.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000147194  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  37.23 
 
 		 218 aa  144  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0485  ribose-5-phosphate isomerase A  39.46 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.377654  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  38.97 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0147  ribose-5-phosphate isomerase A  38.39 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000234877  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2178  ribose-5-phosphate isomerase A  38.39 
 
 		 220 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000360334  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  38.89 
 
 		 218 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1881  ribose 5-phosphate isomerase  37.32 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.806458  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  36.71 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  37.05 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  38.36 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  37.5 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2980  ribose-5-phosphate isomerase A  40.18 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.152582  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  36.65 
 
 		 218 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3545  ribose-5-phosphate isomerase A  39.82 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  37.17 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1386  ribose 5-phosphate isomerase  39.57 
 
 		 227 aa  141  8e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2910  ribose-5-phosphate isomerase A  41.04 
 
 		 233 aa  141  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0458  ribose 5-phosphate isomerase  36.8 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  37.17 
 
 		 220 aa  141  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>