259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0825 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 219 aa  440  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0898  ribose-5-phosphate isomerase A  94.5 
 
 		 218 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000872466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  91.74 
 
 		 218 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0974  ribose-5-phosphate isomerase A  93.52 
 
 		 219 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.461351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  93.52 
 
 		 219 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1150  ribose-5-phosphate isomerase A  92.13 
 
 		 219 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  91.67 
 
 		 220 aa  407  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  93.06 
 
 		 219 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  90.74 
 
 		 220 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  90.74 
 
 		 220 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  90.74 
 
 		 220 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  89.81 
 
 		 220 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0816  ribose-5-phosphate isomerase A  88.02 
 
 		 219 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  88.43 
 
 		 219 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  85.25 
 
 		 219 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2736  ribose-5-phosphate isomerase A  90.78 
 
 		 219 aa  377  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2542  ribose-5-phosphate isomerase A  82.79 
 
 		 218 aa  353  1e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  78.44 
 
 		 218 aa  350  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  80 
 
 		 218 aa  345  4e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  79.53 
 
 		 218 aa  344  8e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  78.14 
 
 		 218 aa  341  5e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  75.58 
 
 		 219 aa  341  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  76.5 
 
 		 219 aa  340  7e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3877  ribose-5-phosphate isomerase A  76.04 
 
 		 238 aa  340  8e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  75.58 
 
 		 231 aa  340  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  75.69 
 
 		 218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  78.14 
 
 		 218 aa  338  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0519  ribose 5-phosphate isomerase  74.31 
 
 		 220 aa  332  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3924  ribose-5-phosphate isomerase A  74.31 
 
 		 239 aa  329  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.266536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  72.94 
 
 		 220 aa  327  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3822  ribose-5-phosphate isomerase A  72.81 
 
 		 218 aa  323  8.000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0108055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0855  ribose-5-phosphate isomerase A  72.81 
 
 		 218 aa  323  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000367757  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0858  ribose-5-phosphate isomerase A  72.81 
 
 		 218 aa  323  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0315  ribose-5-phosphate isomerase A  68.47 
 
 		 224 aa  310  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5150  ribose-5-phosphate isomerase A  68.02 
 
 		 224 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5057  ribose-5-phosphate isomerase A  68.02 
 
 		 224 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4136  ribose 5-phosphate isomerase  68.92 
 
 		 223 aa  306  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00349227  hitchhiker  0.00000000166181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  67.57 
 
 		 224 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  70.37 
 
 		 218 aa  304  7e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  66.67 
 
 		 220 aa  304  8.000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4847  ribose-5-phosphate isomerase A  67.42 
 
 		 223 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5382  ribose-5-phosphate isomerase A  67.12 
 
 		 224 aa  300  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4223  ribose-5-phosphate isomerase A  68.02 
 
 		 237 aa  298  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04310  ribose-5-phosphate isomerase A  65.77 
 
 		 223 aa  298  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000120698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0422  ribose-5-phosphate isomerase A  65.77 
 
 		 223 aa  297  7e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03207  ribose-5-phosphate isomerase A  70.18 
 
 		 220 aa  297  9e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.335569  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1526  ribose-5-phosphate isomerase A  69.59 
 
 		 220 aa  296  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48280  Ribose 5-phosphate isomerase  65.32 
 
 		 226 aa  295  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  67.28 
 
 		 218 aa  295  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  67.28 
 
 		 221 aa  295  5e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5289  ribose 5-phosphate isomerase  66.06 
 
 		 223 aa  294  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3437  ribose-5-phosphate isomerase A  63.8 
 
 		 225 aa  292  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  63.3 
 
 		 223 aa  289  2e-77  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  64.38 
 
 		 220 aa  288  4e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202684  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  66.05 
 
 		 220 aa  285  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  65.12 
 
 		 220 aa  284  7e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0147  ribose-5-phosphate isomerase A  63.26 
 
 		 220 aa  284  8e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000234877  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2178  ribose-5-phosphate isomerase A  63.26 
 
 		 220 aa  284  8e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000360334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22160  Ribose 5-phosphate isomerase  63.47 
 
 		 224 aa  283  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  63.51 
 
 		 232 aa  282  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  64.98 
 
 		 218 aa  282  3.0000000000000004e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  63.13 
 
 		 219 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0123  ribose-5-phosphate isomerase A  64.38 
 
 		 219 aa  279  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0019  ribose-5-phosphate isomerase A  63.23 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.199344  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1176  ribose-5-phosphate isomerase A  64.35 
 
 		 219 aa  274  6e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  64.81 
 
 		 219 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3387  ribose-5-phosphate isomerase A  64.55 
 
 		 226 aa  269  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.568602 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2134  ribose-5-phosphate isomerase A  61.47 
 
 		 219 aa  260  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1934  ribose-5-phosphate isomerase A  60.63 
 
 		 255 aa  259  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2088  ribose-5-phosphate isomerase A  62.05 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2131  ribose-5-phosphate isomerase A  60.36 
 
 		 229 aa  258  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0785663 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1056  ribose-5-phosphate isomerase A  61.47 
 
 		 220 aa  258  6e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 230 aa  258  6e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1651  ribose-5-phosphate isomerase A  60.36 
 
 		 229 aa  257  9e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2206  ribose-5-phosphate isomerase A  58.82 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  59.91 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1521  ribose-5-phosphate isomerase A  59.17 
 
 		 219 aa  255  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414948  decreased coverage  0.0000820366 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2156  ribose-5-phosphate isomerase A  60.36 
 
 		 243 aa  255  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2857  ribose-5-phosphate isomerase A  60.89 
 
 		 240 aa  254  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3987  ribose-5-phosphate isomerase A  61.54 
 
 		 230 aa  254  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195243  normal  0.0478731 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1232  ribose-5-phosphate isomerase A  61.61 
 
 		 228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0408833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1462  ribose-5-phosphate isomerase A  60.78 
 
 		 219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1471  ribose-5-phosphate isomerase A  57.96 
 
 		 230 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1450  ribose-5-phosphate isomerase A  57.96 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4691  ribose-5-phosphate isomerase A  58.41 
 
 		 231 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411852  normal  0.781513 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0956  ribose-5-phosphate isomerase A  59.02 
 
 		 219 aa  251  5.000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>