More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4000 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4000  Ribonuclease H  100 
 
 		 257 aa  504  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1554  ribonuclease H  60.8 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0977063 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1201  ribonuclease HII  66.83 
 
 		 269 aa  241  7.999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.547748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3253  ribonuclease HII  65.69 
 
 		 240 aa  240  1e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1312  ribonuclease HII  66.34 
 
 		 270 aa  239  4e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1834  Ribonuclease H  61.35 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0349833 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3417  Ribonuclease H  59.43 
 
 		 232 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1154  ribonuclease HII  57.02 
 
 		 240 aa  221  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2189  Ribonuclease H  61.31 
 
 		 211 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0375118  normal  0.780394 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0986  ribonuclease H  59.52 
 
 		 241 aa  218  7e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.216437 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1519  Ribonuclease H  60.4 
 
 		 224 aa  213  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238626  hitchhiker  0.0075916 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09810  RNase HII  57.87 
 
 		 275 aa  201  7e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.641782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5919  Ribonuclease H  60 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00684807  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12916  ribonuclease HII  56.28 
 
 		 264 aa  199  5e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.807847 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3588  ribonuclease HII  59.81 
 
 		 240 aa  191  7e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1632  Ribonuclease H  54.11 
 
 		 228 aa  191  8e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.771175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1952  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.713982 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1972  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 239 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2018  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 239 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2194  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 249 aa  188  9e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325708 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4168  ribonuclease HII  49.34 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2092  Ribonuclease H  54.73 
 
 		 228 aa  186  5e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  42.51 
 
 		 268 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  38.27 
 
 		 206 aa  159  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  46.04 
 
 		 214 aa  155  5.0000000000000005e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  48.13 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  48.13 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  36.18 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  41.82 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  48.91 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  43.14 
 
 		 230 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01115  ribonuclease HII  47.8 
 
 		 211 aa  149  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0002331  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  45.31 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  45.31 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  40.2 
 
 		 216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0717  ribonuclease HII  37.69 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00641691  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0664  ribonuclease HII  46.77 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0628332  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  45.36 
 
 		 208 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  39.15 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  40.48 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  42.7 
 
 		 202 aa  145  8.000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  42.7 
 
 		 202 aa  145  8.000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1252  Ribonuclease H  48.63 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.787291  normal  0.579547 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  38.1 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2783  ribonuclease HII  44.27 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  42.25 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  40.72 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  42.25 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  47.25 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  45.36 
 
 		 199 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2563  ribonuclease HII  44.33 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00091403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  43.62 
 
 		 198 aa  142  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2865  ribonuclease HII  43.15 
 
 		 213 aa  141  9e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000377416  hitchhiker  0.000000754237 
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  40.84 
 
 		 217 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  40.21 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  42.02 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  43.92 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  45.5 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3752  ribonuclease HII  40.29 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000719683  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  40.2 
 
 		 210 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  43.92 
 
 		 217 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_686  ribonuclease HII  37.31 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  44.33 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2047  ribonuclease HII  39.77 
 
 		 198 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000947482  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  41.55 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  44.57 
 
 		 209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  43.15 
 
 		 218 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  43.01 
 
 		 214 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  42.57 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  42.53 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  43.01 
 
 		 214 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  43.01 
 
 		 214 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  43.01 
 
 		 214 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  42.53 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  40.21 
 
 		 257 aa  138  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1989  ribonuclease HII  42.65 
 
 		 260 aa  138  7e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  43.39 
 
 		 217 aa  138  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  42.16 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  41.88 
 
 		 283 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  40.1 
 
 		 226 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  39.11 
 
 		 203 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0780  ribonuclease HII  36.82 
 
 		 211 aa  135  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  40.96 
 
 		 207 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  44.39 
 
 		 201 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1678  ribonuclease HII  36.07 
 
 		 272 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.652859  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2218  ribonuclease HII  44.33 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0352  ribonuclease HII  45.11 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.227489  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  43.72 
 
 		 198 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  43.72 
 
 		 198 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1960  ribonuclease HII  36.07 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.317166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3486  ribonuclease HII  42.71 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.83374e-19 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  38.69 
 
 		 219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  39.34 
 
 		 193 aa  132  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  43.55 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>