More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3588 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3588  ribonuclease HII  100 
 
 		 240 aa  473  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1154  ribonuclease HII  75.32 
 
 		 240 aa  329  2e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1554  ribonuclease H  65.31 
 
 		 307 aa  256  2e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0977063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1834  Ribonuclease H  65.02 
 
 		 228 aa  244  9e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0349833 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0986  ribonuclease H  66.5 
 
 		 241 aa  241  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.216437 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3253  ribonuclease HII  60.49 
 
 		 240 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3417  Ribonuclease H  64.85 
 
 		 232 aa  229  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1632  Ribonuclease H  57.55 
 
 		 228 aa  226  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.771175  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4000  Ribonuclease H  60 
 
 		 257 aa  226  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2092  Ribonuclease H  60.29 
 
 		 228 aa  222  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1312  ribonuclease HII  60.27 
 
 		 270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12916  ribonuclease HII  58.54 
 
 		 264 aa  219  3e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.807847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1952  ribonuclease HII  58.42 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.713982 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2018  ribonuclease HII  58.42 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1972  ribonuclease HII  58.42 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2194  ribonuclease HII  58.42 
 
 		 249 aa  217  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325708 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1201  ribonuclease HII  62.56 
 
 		 269 aa  215  5e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.547748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4168  ribonuclease HII  56.93 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1519  Ribonuclease H  58.25 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238626  hitchhiker  0.0075916 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2189  Ribonuclease H  59.18 
 
 		 211 aa  203  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0375118  normal  0.780394 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09810  RNase HII  60.42 
 
 		 275 aa  202  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.641782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5919  Ribonuclease H  57.92 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00684807  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  50 
 
 		 218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0664  ribonuclease HII  49.49 
 
 		 267 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0628332  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  37.31 
 
 		 206 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  49.21 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  48.7 
 
 		 209 aa  153  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  48.7 
 
 		 209 aa  153  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  47.89 
 
 		 235 aa  152  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  46.96 
 
 		 203 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  44.04 
 
 		 204 aa  151  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1960  ribonuclease HII  42.22 
 
 		 272 aa  150  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.317166  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  48.31 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  46.2 
 
 		 199 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1678  ribonuclease HII  41.67 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.652859  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  36.5 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  44.2 
 
 		 193 aa  149  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01115  ribonuclease HII  46.15 
 
 		 211 aa  148  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0002331  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  44.94 
 
 		 206 aa  148  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  40.93 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  47.15 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  44.2 
 
 		 202 aa  146  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  48.88 
 
 		 198 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  44.2 
 
 		 202 aa  146  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  38.54 
 
 		 277 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  44.9 
 
 		 198 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  45.56 
 
 		 207 aa  145  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  45.88 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  47.54 
 
 		 208 aa  145  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0451  ribonuclease HII  48.19 
 
 		 216 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.286866  normal  0.12494 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  41.84 
 
 		 268 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  43.65 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  40.09 
 
 		 230 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  45.03 
 
 		 209 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  45.3 
 
 		 197 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  45.11 
 
 		 208 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  39.7 
 
 		 216 aa  143  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  46.63 
 
 		 198 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  43.32 
 
 		 211 aa  142  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  46.63 
 
 		 198 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  44.19 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  48.07 
 
 		 201 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  45.86 
 
 		 198 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  48.07 
 
 		 201 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  46.63 
 
 		 198 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  38.5 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  45.21 
 
 		 214 aa  141  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  47.12 
 
 		 214 aa  141  9.999999999999999e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  38.95 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  48.07 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  48.07 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  46.96 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  48.07 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  45.86 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  46.96 
 
 		 198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  39.9 
 
 		 257 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0414  ribonuclease H  45.41 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0129425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  45.86 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  46.11 
 
 		 198 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  40.78 
 
 		 203 aa  139  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  42.54 
 
 		 212 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  47.67 
 
 		 208 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1284  ribonuclease HII  47.28 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  46.63 
 
 		 198 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  46.63 
 
 		 198 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  44.26 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  43.09 
 
 		 211 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  45.99 
 
 		 217 aa  136  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  44.95 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2865  ribonuclease HII  41.58 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000377416  hitchhiker  0.000000754237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  44.68 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  45.86 
 
 		 197 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  46.63 
 
 		 198 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1252  Ribonuclease H  45.6 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.787291  normal  0.579547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  46.45 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  47.19 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0521  ribonuclease HII  44.86 
 
 		 197 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  43.65 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  47.19 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  45.23 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>