More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0451 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0451  ribonuclease HII  100 
 
 		 216 aa  434  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.286866  normal  0.12494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  71.76 
 
 		 229 aa  299  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  70.51 
 
 		 229 aa  294  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  66.51 
 
 		 279 aa  272  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0703  ribonuclease HII  61.61 
 
 		 258 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.414695  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  57 
 
 		 210 aa  228  5e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0398  ribonuclease HII  62.15 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0386  ribonuclease HII  61.68 
 
 		 220 aa  223  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0507  ribonuclease HII  60.28 
 
 		 220 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.140576  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0388  ribonuclease HII  58.88 
 
 		 222 aa  219  3e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.49671  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  58.38 
 
 		 208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  55.15 
 
 		 292 aa  198  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  56.1 
 
 		 214 aa  197  9e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  50.97 
 
 		 213 aa  188  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  50.25 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3221  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 267 aa  181  9.000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4361  ribonuclease HII  51.85 
 
 		 266 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4593  normal  0.0104654 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  57.22 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  57.22 
 
 		 209 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  48.33 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  54.14 
 
 		 214 aa  178  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  49.28 
 
 		 216 aa  177  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2598  ribonuclease HII  53.61 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1266  ribonuclease HII  56.63 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  56.11 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  51.44 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  51.76 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  53.59 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  52.75 
 
 		 217 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  53.59 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  53.59 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  53.85 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  51.76 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  52.75 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  45.55 
 
 		 206 aa  175  6e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 249 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  53.33 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  48.99 
 
 		 199 aa  173  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  51.37 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  51.37 
 
 		 248 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  48.48 
 
 		 229 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  51.37 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  50 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1081  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 284 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.476775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  52.78 
 
 		 218 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  49.77 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  53.01 
 
 		 208 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  48.99 
 
 		 210 aa  169  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1834  Ribonuclease H  51.83 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0349833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1226  ribonuclease HII  53.61 
 
 		 281 aa  168  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2456  ribonuclease HII  52.28 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.633452  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1208  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 298 aa  167  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.621532 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  46.15 
 
 		 217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  54.19 
 
 		 209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  51.37 
 
 		 201 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 214 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  49.73 
 
 		 207 aa  165  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2002  ribonuclease HII  54.1 
 
 		 207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  49.46 
 
 		 211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  50.82 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  44.34 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2400  ribonuclease HII  44.28 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105442  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  45.64 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  47.31 
 
 		 212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  50.25 
 
 		 212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  45.13 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  49.73 
 
 		 208 aa  161  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  45.21 
 
 		 308 aa  161  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  50.28 
 
 		 203 aa  161  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3486  ribonuclease HII  48.8 
 
 		 230 aa  161  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.83374e-19 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  50.55 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  44.62 
 
 		 257 aa  160  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  48.22 
 
 		 268 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 232 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  49.45 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  50.83 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  45.64 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  48.9 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  51.91 
 
 		 199 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  50.82 
 
 		 208 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  50.83 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 207 aa  158  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1554  ribonuclease H  47.47 
 
 		 307 aa  158  7e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0977063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  49.18 
 
 		 199 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 236 aa  157  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  48.94 
 
 		 198 aa  157  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  47.06 
 
 		 219 aa  157  9e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  49.72 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  50.55 
 
 		 198 aa  157  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>