More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2343 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  100 
 
 		 292 aa  578  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4361  ribonuclease HII  83.56 
 
 		 266 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4593  normal  0.0104654 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1081  ribonuclease HII  70.19 
 
 		 284 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.476775 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3221  ribonuclease HII  79.7 
 
 		 267 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1226  ribonuclease HII  76.09 
 
 		 281 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1208  ribonuclease HII  77.21 
 
 		 298 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.621532 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2598  ribonuclease HII  74.43 
 
 		 258 aa  317  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1266  ribonuclease HII  62.69 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  54.55 
 
 		 208 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  52.11 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  51.64 
 
 		 229 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  53.54 
 
 		 210 aa  191  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  54.82 
 
 		 269 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0451  ribonuclease HII  55.15 
 
 		 216 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.286866  normal  0.12494 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  47.68 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  56.11 
 
 		 248 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  55 
 
 		 248 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  56.54 
 
 		 202 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  50 
 
 		 212 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  50 
 
 		 212 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  52.31 
 
 		 206 aa  175  7e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  54.95 
 
 		 240 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  55.87 
 
 		 217 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  52.82 
 
 		 210 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  55.87 
 
 		 217 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  51.22 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  56.42 
 
 		 202 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  50.73 
 
 		 232 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 199 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  52.88 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  54.75 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  53.07 
 
 		 198 aa  170  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  54.4 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  54.4 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  51.02 
 
 		 249 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  47.39 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  54.4 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  56.98 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 235 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  51.4 
 
 		 202 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  54.4 
 
 		 207 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  51.4 
 
 		 202 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  53.33 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  51.91 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  52.2 
 
 		 226 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  54.05 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  53.07 
 
 		 213 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  49.49 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  52.25 
 
 		 203 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 214 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 209 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 209 aa  166  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 207 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 207 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0703  ribonuclease HII  51.53 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.414695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  52.51 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  44.62 
 
 		 198 aa  164  2.0000000000000002e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  51.63 
 
 		 199 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  51.6 
 
 		 198 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  48.72 
 
 		 213 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  50 
 
 		 212 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  50.78 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  52.51 
 
 		 230 aa  162  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  49.5 
 
 		 213 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1335  ribonuclease HII  43.01 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  49.46 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  51.09 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  49.46 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  45.26 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  49.16 
 
 		 204 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  49.21 
 
 		 197 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  49.46 
 
 		 198 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  51.4 
 
 		 198 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  53.07 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  50.28 
 
 		 198 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  52.51 
 
 		 201 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  48.13 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  49.21 
 
 		 214 aa  159  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  45.31 
 
 		 257 aa  158  8e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0398  ribonuclease HII  51.27 
 
 		 220 aa  158  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  51.96 
 
 		 208 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  45.85 
 
 		 216 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  50.84 
 
 		 197 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0386  ribonuclease HII  51.27 
 
 		 220 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  47.45 
 
 		 199 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  50.25 
 
 		 218 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  50.53 
 
 		 207 aa  156  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  50.75 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  44.56 
 
 		 277 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  47.67 
 
 		 268 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3486  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 230 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.83374e-19 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  49.72 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>