More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3221 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3221  ribonuclease HII  100 
 
 		 267 aa  534  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2598  ribonuclease HII  81.45 
 
 		 258 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  79.7 
 
 		 292 aa  336  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4361  ribonuclease HII  74.59 
 
 		 266 aa  329  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4593  normal  0.0104654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1208  ribonuclease HII  71.93 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.621532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1226  ribonuclease HII  70.98 
 
 		 281 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1081  ribonuclease HII  76.59 
 
 		 284 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.476775 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  49.77 
 
 		 279 aa  195  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1596  Ribonuclease H  54.87 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0869663 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 212 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 212 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1266  ribonuclease HII  61.14 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  53.33 
 
 		 210 aa  187  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  52.28 
 
 		 229 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  56.42 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  49.76 
 
 		 229 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  55.98 
 
 		 207 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  54.04 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  54.97 
 
 		 202 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 207 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0451  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 216 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.286866  normal  0.12494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 207 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 201 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 207 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  55.87 
 
 		 201 aa  178  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  53.06 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  46.44 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  56.42 
 
 		 202 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  51.53 
 
 		 218 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  52.94 
 
 		 248 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  54.36 
 
 		 212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  53.26 
 
 		 208 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  49.5 
 
 		 213 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  50.52 
 
 		 217 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  46.19 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  49.72 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  52.17 
 
 		 213 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  49.72 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  51.35 
 
 		 199 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  52.33 
 
 		 338 aa  168  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  47.18 
 
 		 198 aa  167  2e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  46.22 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  54.75 
 
 		 214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  48.95 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  51.96 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  47.91 
 
 		 240 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  51.12 
 
 		 198 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  55.31 
 
 		 214 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  50.84 
 
 		 210 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0703  ribonuclease HII  49.3 
 
 		 258 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.414695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  53.63 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  52.72 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  51.96 
 
 		 199 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  52.72 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  50 
 
 		 203 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1335  ribonuclease HII  44.09 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  51.4 
 
 		 217 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  50 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  51.4 
 
 		 217 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  49.73 
 
 		 214 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0398  ribonuclease HII  51.76 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  47.21 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  49.49 
 
 		 283 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0386  ribonuclease HII  51.76 
 
 		 220 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  50.28 
 
 		 208 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07370  Ribonuclease H  49.74 
 
 		 308 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000149287  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  51.38 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  44.39 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  49.21 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  48.76 
 
 		 218 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  47.98 
 
 		 199 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  48.66 
 
 		 214 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  48.66 
 
 		 214 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  53.55 
 
 		 224 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  48.66 
 
 		 214 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  43.46 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  45.6 
 
 		 216 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  51.4 
 
 		 201 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  49.47 
 
 		 198 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  44.79 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  48.9 
 
 		 227 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  47.31 
 
 		 204 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  48.63 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  48.17 
 
 		 214 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  52.57 
 
 		 207 aa  155  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  49.49 
 
 		 214 aa  155  6e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  48.6 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0649  ribonuclease HII  52.2 
 
 		 217 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  46.15 
 
 		 213 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>