More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0987 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0987  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  100 
 
 
333 aa  645    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.259723  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2039  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  42.54 
 
 
348 aa  181  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2032  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.88 
 
 
297 aa  181  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31310  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  43.64 
 
 
300 aa  172  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.148983 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2355  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  42.22 
 
 
294 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.86 
 
 
286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.523347 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0767  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.92 
 
 
285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.53 
 
 
251 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  36.36 
 
 
250 aa  142  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.36 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.91 
 
 
250 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.91 
 
 
250 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0332  sigma-70 region 4 domain-containing protein  42.54 
 
 
278 aa  135  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0334  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.56 
 
 
300 aa  134  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.734955  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2968  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  36.82 
 
 
264 aa  132  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.53 
 
 
254 aa  127  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  36.78 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  33.19 
 
 
312 aa  126  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.39 
 
 
237 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.45 
 
 
266 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  34.76 
 
 
237 aa  124  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  34.35 
 
 
289 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.44 
 
 
272 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4450  sigma-70 region 4 domain-containing protein  41.51 
 
 
300 aa  122  9e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.75 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  36.89 
 
 
255 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.36 
 
 
232 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.62 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  29.44 
 
 
262 aa  117  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.37 
 
 
237 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
237 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.2 
 
 
283 aa  116  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  33.88 
 
 
244 aa  116  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.81 
 
 
242 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  33.91 
 
 
262 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.48 
 
 
238 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.89 
 
 
246 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.18 
 
 
247 aa  112  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.57 
 
 
411 aa  112  8.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.91 
 
 
239 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  33.91 
 
 
239 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0360  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.93 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  33.77 
 
 
239 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  34.78 
 
 
345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.29 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  33.77 
 
 
238 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  29.88 
 
 
254 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
240 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  32.63 
 
 
236 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
239 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
229 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
229 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
229 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
229 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0402  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.49 
 
 
262 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.77 
 
 
241 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  35.71 
 
 
231 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  33.04 
 
 
240 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.13 
 
 
250 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  32.6 
 
 
240 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  32.16 
 
 
247 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  32.9 
 
 
240 aa  106  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  32.6 
 
 
240 aa  106  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  34.33 
 
 
244 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1667  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  30.18 
 
 
242 aa  105  7e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  34.18 
 
 
243 aa  106  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  34.83 
 
 
244 aa  105  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0591  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.04 
 
 
241 aa  105  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.5 
 
 
244 aa  105  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  25.21 
 
 
246 aa  105  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  28.96 
 
 
254 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.04 
 
 
241 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.2 
 
 
243 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  35 
 
 
238 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  34.62 
 
 
243 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  32.89 
 
 
240 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
246 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
243 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  33.19 
 
 
239 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
246 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  33.76 
 
 
244 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  32.46 
 
 
240 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  32.63 
 
 
239 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
246 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  32.61 
 
 
238 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  33.5 
 
 
239 aa  102  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6128  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  35.71 
 
 
244 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  34.73 
 
 
251 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  34.73 
 
 
251 aa  101  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
246 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>