More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1637 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  100 
 
 
262 aa  525  1e-148  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
260 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.02 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  43.04 
 
 
295 aa  179  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.95 
 
 
411 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
279 aa  176  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  43.3 
 
 
253 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  42.48 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  42.48 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  41.13 
 
 
289 aa  171  9e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.61 
 
 
266 aa  170  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  39.3 
 
 
244 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  42.74 
 
 
240 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.83 
 
 
262 aa  168  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  38.08 
 
 
260 aa  168  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  37.8 
 
 
259 aa  168  9e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  42.39 
 
 
247 aa  167  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  39.13 
 
 
250 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  37.39 
 
 
262 aa  167  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.13 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.64 
 
 
247 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.3 
 
 
312 aa  165  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  43.78 
 
 
240 aa  165  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  43.78 
 
 
240 aa  165  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  44.19 
 
 
239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.08 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  42.4 
 
 
240 aa  162  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  41.35 
 
 
247 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  37.93 
 
 
250 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  41.35 
 
 
239 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  42.47 
 
 
244 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  42.27 
 
 
231 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  40.93 
 
 
241 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  42.86 
 
 
240 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.55 
 
 
257 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.61 
 
 
250 aa  159  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.61 
 
 
250 aa  159  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  42.4 
 
 
240 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.66 
 
 
251 aa  159  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  40.34 
 
 
232 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  43.26 
 
 
239 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  42.15 
 
 
236 aa  159  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  43.26 
 
 
229 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.11 
 
 
241 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  43.26 
 
 
229 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  43.26 
 
 
229 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  43.26 
 
 
229 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  37.5 
 
 
237 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.86 
 
 
254 aa  158  7e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40 
 
 
328 aa  158  7e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  42.47 
 
 
244 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  41.82 
 
 
250 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  43.58 
 
 
246 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  36.96 
 
 
243 aa  156  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  43.58 
 
 
246 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  38.68 
 
 
242 aa  156  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  42.79 
 
 
239 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  39.32 
 
 
240 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  39.32 
 
 
240 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  41.74 
 
 
238 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  43.58 
 
 
246 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  43.58 
 
 
246 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.46 
 
 
242 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40 
 
 
245 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  43.84 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  37.34 
 
 
239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  40.09 
 
 
243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.97 
 
 
243 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.84 
 
 
239 aa  152  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.97 
 
 
238 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  40.34 
 
 
253 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  42.41 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  42.41 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.99 
 
 
254 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  38.2 
 
 
248 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  38.81 
 
 
243 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  39.46 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0383  sigma-70 factor  38.67 
 
 
227 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.740921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  39.65 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  40.5 
 
 
248 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  39.46 
 
 
243 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  34.62 
 
 
246 aa  149  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  39.45 
 
 
244 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  39.82 
 
 
238 aa  149  4e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2011  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.07 
 
 
265 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  35.34 
 
 
242 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  38.3 
 
 
239 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.78 
 
 
265 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.02 
 
 
241 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.33 
 
 
244 aa  149  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  36.48 
 
 
255 aa  148  8e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.56 
 
 
237 aa  148  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>