More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3283 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
250 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  59.35 
 
 
250 aa  310  2e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  58.94 
 
 
250 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  57.2 
 
 
250 aa  289  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  57.2 
 
 
250 aa  289  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  66.23 
 
 
250 aa  286  2e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  55.47 
 
 
251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.74 
 
 
262 aa  191  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.74 
 
 
260 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.57 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  41.13 
 
 
289 aa  181  1e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.59 
 
 
312 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.32 
 
 
243 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  39.04 
 
 
244 aa  175  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  41.15 
 
 
237 aa  175  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  40.17 
 
 
255 aa  175  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  42.22 
 
 
238 aa  174  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.23 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.23 
 
 
237 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.74 
 
 
238 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  41.41 
 
 
239 aa  171  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  41.41 
 
 
240 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  41.78 
 
 
238 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.79 
 
 
237 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
229 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
229 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.34 
 
 
238 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  38.68 
 
 
295 aa  170  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
229 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
229 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.71 
 
 
272 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  43.17 
 
 
240 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  41.85 
 
 
240 aa  168  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.97 
 
 
239 aa  168  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  40.97 
 
 
239 aa  168  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  40.97 
 
 
239 aa  168  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  40.97 
 
 
239 aa  168  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  40.97 
 
 
239 aa  168  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.99 
 
 
279 aa  168  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  38.84 
 
 
253 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
243 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.96 
 
 
255 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  40.97 
 
 
239 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
243 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  40 
 
 
232 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  41.13 
 
 
244 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1898  flagellar biosynthesis sigma factor  42.73 
 
 
240 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.68 
 
 
328 aa  167  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  40.35 
 
 
244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  40.53 
 
 
240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  39.74 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  39.74 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  39.74 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  39.74 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  36.17 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.8 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  40.93 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  39.91 
 
 
244 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  39.47 
 
 
240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  39.47 
 
 
240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  39.11 
 
 
247 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  39.91 
 
 
238 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  39.29 
 
 
231 aa  161  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
246 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1142  RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG family  37.97 
 
 
259 aa  161  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  37.65 
 
 
253 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
246 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.96 
 
 
411 aa  160  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  40.26 
 
 
239 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  40.51 
 
 
244 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  39.15 
 
 
246 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  35.22 
 
 
262 aa  159  3e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  39.3 
 
 
246 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
253 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.54 
 
 
249 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  37.5 
 
 
253 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  37.97 
 
 
239 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.33 
 
 
247 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
241 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  39.3 
 
 
246 aa  158  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  38.63 
 
 
237 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  38.63 
 
 
237 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  39.3 
 
 
246 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  39.3 
 
 
246 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  39.22 
 
 
248 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  38.63 
 
 
237 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.96 
 
 
254 aa  157  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  38.63 
 
 
237 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  37.83 
 
 
237 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  36.33 
 
 
236 aa  157  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.59 
 
 
242 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.93 
 
 
257 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>