More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_1744 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_1744  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
257 aa  518  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  53.06 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2388  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  48.16 
 
 
251 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0794  sigma 28 (flagella/sporulation)  47.35 
 
 
255 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0420105  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  43.27 
 
 
289 aa  206  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2025  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.94 
 
 
252 aa  201  7e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  42.68 
 
 
295 aa  198  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  42.04 
 
 
312 aa  196  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5913  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.04 
 
 
272 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00269846  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2683  RNA polymerase sigma factor WhiG  39.02 
 
 
262 aa  189  4e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000338898  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.92 
 
 
411 aa  188  9e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  42.29 
 
 
250 aa  182  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  41.85 
 
 
250 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.04 
 
 
262 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.42 
 
 
254 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3037  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.97 
 
 
260 aa  179  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3994  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.26 
 
 
266 aa  178  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.92 
 
 
250 aa  176  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.92 
 
 
250 aa  176  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1306  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  42.5 
 
 
245 aa  175  6e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.152189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.09 
 
 
251 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0625  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.06 
 
 
254 aa  171  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.11 
 
 
272 aa  171  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.82 
 
 
246 aa  169  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2685  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.09 
 
 
254 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23630  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  39.11 
 
 
345 aa  168  7e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251167  normal  0.211786 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1482  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.87 
 
 
328 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124317  normal  0.220028 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1138  RNA polymerase sigma factor SigD  38.27 
 
 
254 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0878  putative RNA polymerase sigma factor  38.68 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0195691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.55 
 
 
248 aa  165  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  40.89 
 
 
232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  41.89 
 
 
239 aa  161  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  161  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  161  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  161  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  42.34 
 
 
239 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  42.34 
 
 
229 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  42.34 
 
 
229 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  42.34 
 
 
229 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  42.34 
 
 
229 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.31 
 
 
246 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.71 
 
 
283 aa  159  5e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.4 
 
 
244 aa  159  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.35 
 
 
247 aa  159  6e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  40.66 
 
 
247 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  40.59 
 
 
239 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0495  RNA polymerase, sigma 28 subunit  39.61 
 
 
218 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.81 
 
 
241 aa  157  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  41.89 
 
 
239 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  39.91 
 
 
240 aa  155  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.59 
 
 
247 aa  156  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  38.86 
 
 
241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.37 
 
 
250 aa  155  6e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
243 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
244 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  38.96 
 
 
239 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  33.33 
 
 
244 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  38.77 
 
 
242 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  34.98 
 
 
253 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  37 
 
 
243 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  37.89 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  35.68 
 
 
238 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  40.18 
 
 
240 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  39.29 
 
 
238 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  37.89 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  37.89 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  37.89 
 
 
237 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.93 
 
 
243 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  41.82 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  41.82 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  41.07 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3447  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.25 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  34.98 
 
 
253 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  34.98 
 
 
253 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  36.56 
 
 
239 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.5 
 
 
238 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  36.13 
 
 
248 aa  152  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
237 aa  151  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  41.36 
 
 
240 aa  151  8.999999999999999e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  39.75 
 
 
246 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  39.75 
 
 
246 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  35.27 
 
 
244 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  35.24 
 
 
243 aa  150  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  39.67 
 
 
248 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  40.61 
 
 
246 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  38.5 
 
 
231 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  36.16 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  40.61 
 
 
246 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  34.38 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  35.24 
 
 
242 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37 
 
 
238 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0591  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.44 
 
 
241 aa  149  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>