More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0822 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0822  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
371 aa  752    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0473  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 
345 aa  242  7e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.868769  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0234  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.24 
 
 
359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.65 
 
 
358 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  27.76 
 
 
344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.1 
 
 
357 aa  130  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.55 
 
 
355 aa  127  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1238  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.1 
 
 
364 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.102746 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  31.65 
 
 
350 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.88 
 
 
348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.27 
 
 
345 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  26.11 
 
 
347 aa  119  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
374 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.9 
 
 
360 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  27.36 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.77 
 
 
356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  26.75 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.68 
 
 
369 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  26.13 
 
 
364 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
364 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  26.43 
 
 
365 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  29.47 
 
 
346 aa  112  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 
357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  26.35 
 
 
345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.14 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
367 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 
341 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
371 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.59 
 
 
355 aa  110  3e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
364 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.09 
 
 
360 aa  110  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
371 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 
357 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
363 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.73 
 
 
371 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.73 
 
 
371 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.15 
 
 
359 aa  108  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
371 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
371 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.73 
 
 
371 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
371 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
371 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.73 
 
 
371 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
366 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  27.03 
 
 
347 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
363 aa  106  7e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  29 
 
 
358 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
396 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.45 
 
 
357 aa  104  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.43 
 
 
371 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.29 
 
 
367 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  23.73 
 
 
340 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.29 
 
 
367 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.65 
 
 
363 aa  103  6e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
374 aa  103  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
345 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
364 aa  103  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
396 aa  103  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
346 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 
342 aa  102  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.17 
 
 
345 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 
348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 
348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
357 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 
348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
361 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 
348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.67 
 
 
348 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
357 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  23.73 
 
 
340 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 
342 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 
370 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.16 
 
 
361 aa  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 
370 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 
384 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 
370 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  26.43 
 
 
359 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25 
 
 
369 aa  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.33 
 
 
348 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 
375 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4625  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
361 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147553  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  26.15 
 
 
370 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 
369 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 
370 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.15 
 
 
370 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
359 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.08 
 
 
349 aa  100  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.23 
 
 
347 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4255  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
344 aa  100  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00000172827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48460  polyamine ABC transporter substrate-binding protein  28.76 
 
 
370 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000115004  normal  0.148867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
359 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.33 
 
 
370 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
360 aa  99.4  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 
348 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
370 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.85 
 
 
370 aa  99.4  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 
348 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.1 
 
 
348 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>