More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1238 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1238  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  100 
 
 		 364 aa  748    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.102746 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0473  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 345 aa  160  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.868769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0234  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.5 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0822  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 371 aa  122  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.78 
 
 		 360 aa  116  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 359 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  26.36 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  27.49 
 
 		 365 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  28.53 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  27.78 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  28.53 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.47 
 
 		 348 aa  109  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3523  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.401659  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  26.85 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.76 
 
 		 358 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 		 349 aa  105  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.71 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 371 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.33 
 
 		 374 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 364 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.92 
 
 		 355 aa  103  7e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.94 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.63 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.86 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.22 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.27 
 
 		 373 aa  101  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.36 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  27.94 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.28 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.28 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.32 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.68 
 
 		 343 aa  99.8  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  24.12 
 
 		 373 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.71 
 
 		 349 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  26.45 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.04 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.82 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.14 
 
 		 355 aa  99.4  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.82 
 
 		 409 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  24.27 
 
 		 366 aa  99.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  27.47 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 357 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 384 aa  98.6  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 363 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 366 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.68 
 
 		 363 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 357 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 		 349 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 364 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.71 
 
 		 349 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.71 
 
 		 349 aa  97.4  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.71 
 
 		 349 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.33 
 
 		 348 aa  97.1  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.71 
 
 		 349 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 349 aa  96.3  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 366 aa  96.3  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  24.41 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 387 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 387 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.67 
 
 		 348 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 368 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 364 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 374 aa  95.9  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 360 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0901  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.457949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 		 373 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 364 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.62 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 375 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 364 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>