84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4919 on replicon NC_013442
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013442  Gbro_4919  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 76 aa  142  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 93 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 81 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 83 aa  50.8  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  42.19 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  41.54 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 233 aa  47  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1826  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 85 aa  45.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  41.43 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 131 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4684  hypothetical protein  44.26 
 
 		 224 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213112  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  46.67 
 
 		 76 aa  44.7  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 128 aa  44.7  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 106 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  35.48 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  36.51 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 80 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  42.62 
 
 		 223 aa  41.6  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 94 aa  42  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 201 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  35.62 
 
 		 106 aa  41.2  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 475 aa  41.6  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 57 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 230 aa  41.2  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.62 
 
 		 225 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  30.3 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  30.3 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  39.68 
 
 		 196 aa  40.8  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 124 aa  40  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  31.88 
 
 		 72 aa  40  0.01  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>