267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2656 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2004  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  70.1 
 
 		 612 aa  880    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.266757  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3173  Carboxylyase-related protein  61.32 
 
 		 624 aa  769    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.546258 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3015  Carboxylyase-related protein  60.46 
 
 		 610 aa  751    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1830  UbiD family decarboxylase  67.8 
 
 		 615 aa  839    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00089461  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2913  Carboxylyase-related protein  54.08 
 
 		 610 aa  683    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00000000519936 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1579  UbiD family decarboxylase  98.04 
 
 		 613 aa  1229    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3006  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  67.16 
 
 		 613 aa  859    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00027681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0993  carboxylyase-like protein  70.1 
 
 		 612 aa  877    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0931103  normal  0.250406 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1323  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  58.36 
 
 		 649 aa  741    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.567448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0260  Carboxylyase-related protein  60.71 
 
 		 615 aa  737    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1842  UbiD family decarboxylase  74.84 
 
 		 613 aa  965    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0751  Carboxylyase-related protein  58.65 
 
 		 621 aa  700    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.270281  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2656  Carboxylyase-related protein  100 
 
 		 613 aa  1250    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4242  UbiD family decarboxylase  62.48 
 
 		 609 aa  771    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2237  carboxylyase-like protein  66.5 
 
 		 620 aa  836    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0938  carboxylyase-like protein  61.58 
 
 		 626 aa  781    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0168  UbiD family decarboxylase  38.27 
 
 		 589 aa  377  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0201007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0962  UbiD family decarboxylase  37.38 
 
 		 585 aa  364  2e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00051781  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_002620  TC0359  hypothetical protein  35.8 
 
 		 579 aa  320  6e-86  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.03 
 
 		 482 aa  237  5.0000000000000005e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  33.5 
 
 		 606 aa  235  2.0000000000000002e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  31.39 
 
 		 481 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  30.06 
 
 		 617 aa  224  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  31.32 
 
 		 606 aa  222  9.999999999999999e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  32.36 
 
 		 493 aa  223  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.4 
 
 		 517 aa  220  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  31.3 
 
 		 639 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  32.61 
 
 		 509 aa  216  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  28.83 
 
 		 594 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  33.26 
 
 		 479 aa  213  5.999999999999999e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  32.48 
 
 		 504 aa  213  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  32.28 
 
 		 504 aa  211  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  30.65 
 
 		 481 aa  210  7e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  31.3 
 
 		 480 aa  209  9e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.97 
 
 		 478 aa  209  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.05 
 
 		 507 aa  206  1e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  30.13 
 
 		 621 aa  204  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.62 
 
 		 490 aa  204  5e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  30.89 
 
 		 482 aa  201  3e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  31.69 
 
 		 485 aa  201  3.9999999999999996e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  31.96 
 
 		 497 aa  200  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  31.55 
 
 		 491 aa  199  9e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.69 
 
 		 522 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  30.58 
 
 		 487 aa  198  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  32.54 
 
 		 504 aa  198  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  30.52 
 
 		 487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  30.17 
 
 		 488 aa  197  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2702  hypothetical protein  26.78 
 
 		 613 aa  197  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193644  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  30.58 
 
 		 488 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1864  UbiD family decarboxylase  27.92 
 
 		 481 aa  195  2e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0292  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.8 
 
 		 504 aa  195  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  30.37 
 
 		 488 aa  195  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  29.75 
 
 		 488 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  29.16 
 
 		 495 aa  193  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.55 
 
 		 488 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0864  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.74 
 
 		 605 aa  192  1e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.04366  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  29.96 
 
 		 550 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  29.55 
 
 		 488 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  31.82 
 
 		 486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  29.55 
 
 		 488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0705  UbiD family decarboxylase  31.05 
 
 		 476 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.400833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  28.66 
 
 		 488 aa  191  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0268  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.38 
 
 		 504 aa  191  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974118  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  30.37 
 
 		 492 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  31.1 
 
 		 486 aa  189  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.37 
 
 		 488 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  29.96 
 
 		 487 aa  189  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  29.54 
 
 		 504 aa  188  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4328  carboxylyase-like protein  30.4 
 
 		 512 aa  188  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.75 
 
 		 490 aa  187  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  28.37 
 
 		 489 aa  186  8e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  31.88 
 
 		 463 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4053  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1697  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.48 
 
 		 484 aa  186  1.0000000000000001e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.373117 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  29.34 
 
 		 487 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4478  carboxylyase-like protein  31.37 
 
 		 512 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0662178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1321  UbiD family decarboxylase  30.53 
 
 		 602 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000596331  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  25.36 
 
 		 617 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  30.04 
 
 		 498 aa  184  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.07 
 
 		 491 aa  184  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  28.72 
 
 		 498 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2445  UbiD family decarboxylase  29.13 
 
 		 518 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.34 
 
 		 488 aa  184  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0822  UbiD family decarboxylase  28.93 
 
 		 518 aa  184  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0811  UbiD family decarboxylase  28.93 
 
 		 518 aa  184  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0952  UbiD family decarboxylase  28.93 
 
 		 518 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0914  UbiD family decarboxylase  28.93 
 
 		 518 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0473  carboxylyase-like protein  28.93 
 
 		 551 aa  183  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0242  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.55 
 
 		 618 aa  183  7e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  28.23 
 
 		 498 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 492 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  29.35 
 
 		 496 aa  182  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 492 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 492 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 492 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  28.93 
 
 		 492 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  24.76 
 
 		 617 aa  182  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2251  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  27.95 
 
 		 502 aa  182  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.202201 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  29.07 
 
 		 488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  29.48 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>