281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0515 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  67.54 
 
 		 497 aa  697    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  100 
 
 		 507 aa  1028    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  72.14 
 
 		 486 aa  743    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  88.64 
 
 		 504 aa  905    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  72.14 
 
 		 486 aa  741    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  70.27 
 
 		 485 aa  735    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  71.22 
 
 		 490 aa  730    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  54.04 
 
 		 479 aa  496  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  47.42 
 
 		 482 aa  483  1e-135  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  50.31 
 
 		 481 aa  480  1e-134  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  47.11 
 
 		 481 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  51.44 
 
 		 478 aa  470  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  45.7 
 
 		 493 aa  468  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  47.93 
 
 		 491 aa  459  9.999999999999999e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1967  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.3 
 
 		 520 aa  430  1e-119  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  49.14 
 
 		 517 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  46.05 
 
 		 617 aa  412  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  45.11 
 
 		 482 aa  411  1e-113  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  41.12 
 
 		 480 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  48 
 
 		 504 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  48.21 
 
 		 504 aa  408  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  48.83 
 
 		 509 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  43.48 
 
 		 639 aa  390  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  43.67 
 
 		 594 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  48.56 
 
 		 621 aa  387  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.57 
 
 		 506 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.68 
 
 		 506 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  45.73 
 
 		 606 aa  383  1e-105  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.16 
 
 		 492 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.16 
 
 		 492 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.04 
 
 		 522 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.57 
 
 		 498 aa  380  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.41 
 
 		 495 aa  380  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  40 
 
 		 493 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.47 
 
 		 506 aa  378  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.16 
 
 		 492 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.16 
 
 		 492 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  41.01 
 
 		 493 aa  378  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.16 
 
 		 492 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  45.3 
 
 		 606 aa  377  1e-103  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  41.43 
 
 		 493 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.96 
 
 		 498 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  40.61 
 
 		 493 aa  373  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.35 
 
 		 497 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.55 
 
 		 497 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  39.35 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  39.55 
 
 		 497 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.35 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.35 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  39.8 
 
 		 493 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  41.43 
 
 		 487 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  40.82 
 
 		 487 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  40.16 
 
 		 498 aa  371  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  40.68 
 
 		 496 aa  371  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.55 
 
 		 498 aa  372  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  41.02 
 
 		 487 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  40.24 
 
 		 493 aa  372  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  40 
 
 		 493 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  40 
 
 		 493 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  39.6 
 
 		 493 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  40 
 
 		 493 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  40.41 
 
 		 488 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  39.08 
 
 		 550 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  39.8 
 
 		 488 aa  368  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.15 
 
 		 497 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  39.59 
 
 		 488 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.39 
 
 		 501 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  39.8 
 
 		 488 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.15 
 
 		 497 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  40.77 
 
 		 498 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 493 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.15 
 
 		 497 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  41.78 
 
 		 488 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 493 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  40.61 
 
 		 488 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  41.99 
 
 		 488 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  39.18 
 
 		 493 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  40.12 
 
 		 492 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2013  UbiD family decarboxylase  42.2 
 
 		 490 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.920349 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2383  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.2 
 
 		 490 aa  365  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 488 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  39.8 
 
 		 488 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  40.5 
 
 		 520 aa  363  3e-99  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  40.45 
 
 		 520 aa  363  3e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  39.39 
 
 		 488 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  39.8 
 
 		 487 aa  362  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0574  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  41.15 
 
 		 507 aa  362  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  40.41 
 
 		 488 aa  361  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  40 
 
 		 502 aa  360  4e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.25 
 
 		 521 aa  359  5e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.63 
 
 		 487 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  38.6 
 
 		 489 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0701  UbiD family decarboxylase  40.24 
 
 		 503 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0657  UbiD family decarboxylase  40.24 
 
 		 503 aa  356  5e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0892481 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0231  UbiD family decarboxylase  44.12 
 
 		 448 aa  356  5e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  40.2 
 
 		 487 aa  356  5.999999999999999e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  41.53 
 
 		 463 aa  355  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  38.78 
 
 		 495 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>