281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0231 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0231  UbiD family decarboxylase  100 
 
 
448 aa  898    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0215  UbiD family decarboxylase  92.19 
 
 
448 aa  830    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  56.16 
 
 
463 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0437  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  54.22 
 
 
471 aa  462  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  47.3 
 
 
481 aa  426  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  42.65 
 
 
482 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  46.78 
 
 
479 aa  390  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  45.55 
 
 
478 aa  385  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  42.36 
 
 
481 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3105  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  47.31 
 
 
465 aa  363  3e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  44.86 
 
 
617 aa  363  3e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  43.61 
 
 
594 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0291  UbiD family decarboxylase  44.73 
 
 
466 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  44.12 
 
 
507 aa  356  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  41.29 
 
 
491 aa  354  2e-96  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  43.74 
 
 
504 aa  346  4e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1967  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.31 
 
 
520 aa  346  5e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  41.74 
 
 
490 aa  345  7e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.95 
 
 
517 aa  345  8.999999999999999e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  42.95 
 
 
504 aa  344  2e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  43.53 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0396  UbiD family decarboxylase  43.59 
 
 
463 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.625341  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  40.37 
 
 
485 aa  339  7e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  39.67 
 
 
493 aa  338  8e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  42.08 
 
 
504 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  39.24 
 
 
497 aa  331  2e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  39.71 
 
 
486 aa  327  3e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  39.74 
 
 
639 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  39.29 
 
 
486 aa  323  4e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  36.31 
 
 
480 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.6 
 
 
502 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.4 
 
 
506 aa  299  9e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  37.76 
 
 
504 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  36.98 
 
 
502 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  38.89 
 
 
521 aa  293  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  41.89 
 
 
621 aa  293  4e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  36.79 
 
 
502 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  36.79 
 
 
502 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  36.12 
 
 
502 aa  290  3e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  40.35 
 
 
606 aa  285  8e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.78 
 
 
525 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  40.39 
 
 
606 aa  283  5.000000000000001e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  37.24 
 
 
520 aa  283  6.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.24 
 
 
520 aa  281  2e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1864  UbiD family decarboxylase  34.38 
 
 
481 aa  280  3e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  36.36 
 
 
525 aa  280  3e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  35.27 
 
 
482 aa  280  4e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.85 
 
 
509 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  36.05 
 
 
487 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.05 
 
 
522 aa  278  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  36.25 
 
 
487 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0497  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  38.43 
 
 
482 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0773  UbiD family decarboxylase  39.88 
 
 
477 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.632709  normal  0.509325 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  37.5 
 
 
498 aa  272  7e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1757  UbiD family decarboxylase  39.88 
 
 
477 aa  272  1e-71  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.122512  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  34.62 
 
 
490 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0705  UbiD family decarboxylase  38.59 
 
 
476 aa  271  2e-71  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.400833 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 
506 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  35.04 
 
 
487 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4478  carboxylyase-like protein  38.29 
 
 
512 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0662178  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 
497 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  34.15 
 
 
497 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 
497 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  34.15 
 
 
497 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 
497 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
497 aa  268  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  36.03 
 
 
488 aa  266  4e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
497 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 
497 aa  266  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.74 
 
 
495 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.74 
 
 
506 aa  266  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  34.08 
 
 
493 aa  266  7e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  34.96 
 
 
498 aa  265  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1697  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  34.1 
 
 
484 aa  265  8.999999999999999e-70  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.373117 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.74 
 
 
498 aa  265  8.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  34.89 
 
 
493 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  35.29 
 
 
493 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.05 
 
 
487 aa  265  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  36.09 
 
 
488 aa  265  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.74 
 
 
497 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  36.6 
 
 
494 aa  265  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  34.62 
 
 
495 aa  264  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.02 
 
 
501 aa  263  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.13 
 
 
498 aa  262  8.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.13 
 
 
498 aa  262  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  33.33 
 
 
488 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4328  carboxylyase-like protein  36.73 
 
 
512 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1001  UbiD family decarboxylase  37.27 
 
 
512 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  34.55 
 
 
487 aa  259  9e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  33.06 
 
 
488 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  34.01 
 
 
488 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.06 
 
 
493 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  34.48 
 
 
488 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.06 
 
 
493 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  34.76 
 
 
498 aa  258  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>