281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0215 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0231  UbiD family decarboxylase  92.19 
 
 		 448 aa  830    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0215  UbiD family decarboxylase  100 
 
 		 448 aa  896    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  56.37 
 
 		 463 aa  500  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0437  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  53.88 
 
 		 471 aa  457  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  47.72 
 
 		 481 aa  424  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  43.92 
 
 		 482 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  47.19 
 
 		 479 aa  392  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  46.28 
 
 		 478 aa  387  1e-106  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  42.39 
 
 		 481 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  45.51 
 
 		 617 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  45.86 
 
 		 594 aa  364  2e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  41.49 
 
 		 491 aa  351  2e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  43.92 
 
 		 507 aa  348  1e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3105  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  46.87 
 
 		 465 aa  347  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1967  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.69 
 
 		 520 aa  347  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0291  UbiD family decarboxylase  43.88 
 
 		 466 aa  346  4e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  41.74 
 
 		 490 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  43.09 
 
 		 504 aa  338  9.999999999999999e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  42.95 
 
 		 517 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  42.95 
 
 		 504 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  39.26 
 
 		 493 aa  335  1e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0396  UbiD family decarboxylase  43.59 
 
 		 463 aa  334  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.625341  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  43.32 
 
 		 509 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  39.92 
 
 		 485 aa  330  2e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  39.64 
 
 		 497 aa  329  7e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  42.08 
 
 		 504 aa  328  9e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  40.83 
 
 		 639 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  39.09 
 
 		 486 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  38.88 
 
 		 486 aa  311  1e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  42.32 
 
 		 621 aa  298  1e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  37.63 
 
 		 504 aa  296  6e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.27 
 
 		 502 aa  295  1e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  35.74 
 
 		 480 aa  295  1e-78  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0006  UbiD family decarboxylase  37.3 
 
 		 502 aa  293  5e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2481  UbiD family decarboxylase  36.81 
 
 		 502 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3632  UbiD family decarboxylase  36.81 
 
 		 502 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.86 
 
 		 506 aa  289  7e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2042  UbiD family decarboxylase  35.99 
 
 		 502 aa  285  1.0000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.527905  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  40.83 
 
 		 606 aa  284  2.0000000000000002e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  40.56 
 
 		 606 aa  281  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18901  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  37.14 
 
 		 521 aa  279  6e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.358341 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0050  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.48 
 
 		 525 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  35.85 
 
 		 487 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1132  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.14 
 
 		 520 aa  275  8e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10361  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  35.04 
 
 		 509 aa  275  9e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.78651 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06711  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  36.07 
 
 		 525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  35.36 
 
 		 482 aa  274  2.0000000000000002e-72  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1325  carboxylyase-like protein  36.33 
 
 		 520 aa  273  3e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  35.29 
 
 		 490 aa  272  8.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.05 
 
 		 522 aa  272  8.000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  35.64 
 
 		 487 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0497  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  37.74 
 
 		 482 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  34.48 
 
 		 493 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.35 
 
 		 506 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0132  carboxylyase-like protein  36.55 
 
 		 494 aa  266  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  36.16 
 
 		 495 aa  266  5e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  36.11 
 
 		 488 aa  264  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  34.63 
 
 		 487 aa  263  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0773  UbiD family decarboxylase  39.26 
 
 		 477 aa  263  4e-69  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.632709  normal  0.509325 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  35.37 
 
 		 498 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  34.63 
 
 		 497 aa  263  6e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  36.31 
 
 		 498 aa  263  6e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.63 
 
 		 497 aa  263  6e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  34.83 
 
 		 487 aa  263  6e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.63 
 
 		 497 aa  263  6e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 		 497 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  33.27 
 
 		 493 aa  262  8e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  34.08 
 
 		 493 aa  262  8e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.35 
 
 		 497 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0705  UbiD family decarboxylase  37.92 
 
 		 476 aa  262  8.999999999999999e-69  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.400833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.11 
 
 		 487 aa  262  8.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  34.35 
 
 		 497 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 492 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 492 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.35 
 
 		 497 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 506 aa  262  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 492 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 498 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 492 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.22 
 
 		 495 aa  262  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 		 497 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1757  UbiD family decarboxylase  39.38 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.122512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.94 
 
 		 492 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.15 
 
 		 501 aa  261  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1864  UbiD family decarboxylase  33.12 
 
 		 481 aa  260  4e-68  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  34.22 
 
 		 497 aa  260  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  35.98 
 
 		 488 aa  260  4e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  33.06 
 
 		 493 aa  260  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  33.13 
 
 		 488 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  34.34 
 
 		 493 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.54 
 
 		 498 aa  258  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  33.54 
 
 		 498 aa  258  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  33.87 
 
 		 493 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  33.87 
 
 		 493 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  34.42 
 
 		 488 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4478  carboxylyase-like protein  37.68 
 
 		 512 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0662178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  34.69 
 
 		 488 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  33.67 
 
 		 493 aa  257  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  34.69 
 
 		 488 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  33.06 
 
 		 488 aa  256  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>