280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0287 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  60.6 
 
 
594 aa  734    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  100 
 
 
617 aa  1258    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  58.28 
 
 
481 aa  537  1e-151  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  43.35 
 
 
639 aa  522  1e-147  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  54.29 
 
 
482 aa  516  1.0000000000000001e-145  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  52.64 
 
 
481 aa  513  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  56.07 
 
 
479 aa  498  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  45.75 
 
 
606 aa  496  1e-139  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  53.16 
 
 
493 aa  493  9.999999999999999e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  45.83 
 
 
606 aa  488  1e-136  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1967  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  49.51 
 
 
520 aa  480  1e-134  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  50 
 
 
491 aa  474  1e-132  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  52.69 
 
 
478 aa  468  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  44.52 
 
 
621 aa  463  1e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0901  3-polyprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.43 
 
 
602 aa  444  1e-123  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.875332  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  50 
 
 
509 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  47.12 
 
 
490 aa  433  1e-120  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  47.38 
 
 
485 aa  432  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  47.35 
 
 
486 aa  426  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  47.57 
 
 
486 aa  427  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  45.49 
 
 
504 aa  426  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1045  putative periplasmic protein  38.1 
 
 
602 aa  421  1e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.158782  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0770  seryl-tRNA synthetase (Serine--tRNA ligase) (SerRS)  38.1 
 
 
602 aa  419  9.999999999999999e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  46.83 
 
 
517 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  46.05 
 
 
507 aa  412  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0591  3-polyprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  36.98 
 
 
600 aa  412  1e-114  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.460237  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  45.18 
 
 
497 aa  412  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0864  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  38.03 
 
 
605 aa  410  1e-113  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.04366  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  46.39 
 
 
504 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  45.95 
 
 
504 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1321  UbiD family decarboxylase  36.97 
 
 
602 aa  399  9.999999999999999e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000596331  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  44.62 
 
 
463 aa  393  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  43.65 
 
 
482 aa  393  1e-108  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0437  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  45.2 
 
 
471 aa  385  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0766  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  35.61 
 
 
597 aa  388  1e-106  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  42.44 
 
 
487 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  39.96 
 
 
480 aa  377  1e-103  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2702  hypothetical protein  35.28 
 
 
613 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193644  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0650  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase, putative  35.65 
 
 
600 aa  375  1e-102  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0803638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1384  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  35.65 
 
 
600 aa  375  1e-102  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0215  UbiD family decarboxylase  45.51 
 
 
448 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  41.15 
 
 
493 aa  371  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  40.72 
 
 
506 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  41.99 
 
 
495 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.05 
 
 
490 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
497 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0571  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase, putative  35.48 
 
 
600 aa  372  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
492 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  40.08 
 
 
498 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
492 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  41.24 
 
 
488 aa  368  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
492 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
492 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.75 
 
 
492 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  41.88 
 
 
498 aa  365  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  34.3 
 
 
617 aa  365  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.88 
 
 
506 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  40.17 
 
 
488 aa  365  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.96 
 
 
495 aa  364  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.88 
 
 
498 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.13 
 
 
497 aa  365  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.064348 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.34 
 
 
497 aa  364  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  39.34 
 
 
497 aa  364  3e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  40.51 
 
 
493 aa  364  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  39.34 
 
 
497 aa  364  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.34 
 
 
497 aa  364  3e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.34 
 
 
497 aa  364  3e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  34.19 
 
 
617 aa  363  4e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.34 
 
 
497 aa  363  4e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0231  UbiD family decarboxylase  44.86 
 
 
448 aa  363  5.0000000000000005e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  38.91 
 
 
498 aa  363  6e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  40.3 
 
 
493 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  41.03 
 
 
522 aa  363  7.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  39.13 
 
 
497 aa  362  1e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  39.46 
 
 
488 aa  362  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  38.71 
 
 
498 aa  362  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  40.51 
 
 
493 aa  362  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  39.47 
 
 
498 aa  361  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  40.25 
 
 
493 aa  361  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  40.51 
 
 
493 aa  362  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  40.09 
 
 
493 aa  361  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  39.26 
 
 
493 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  39.26 
 
 
493 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  359  8e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  359  8e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  359  8e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  38.45 
 
 
501 aa  359  9e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_002978  WD1315  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  39.5 
 
 
492 aa  359  9.999999999999999e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0561345  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  39.32 
 
 
487 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  39.74 
 
 
487 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  39.91 
 
 
488 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  40.6 
 
 
487 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  39.87 
 
 
488 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  39.05 
 
 
493 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  39.83 
 
 
496 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  39.48 
 
 
488 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  39.32 
 
 
488 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  39.53 
 
 
489 aa  355  1e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>