271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0260 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2004  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  60.06 
 
 		 612 aa  719    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.266757  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0260  Carboxylyase-related protein  100 
 
 		 615 aa  1249    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2656  Carboxylyase-related protein  60.71 
 
 		 613 aa  737    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3006  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  61.39 
 
 		 613 aa  739    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00027681  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3015  Carboxylyase-related protein  64.23 
 
 		 610 aa  789    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4242  UbiD family decarboxylase  56.56 
 
 		 609 aa  685    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0993  carboxylyase-like protein  58.93 
 
 		 612 aa  707    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0931103  normal  0.250406 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1323  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  62.91 
 
 		 649 aa  774    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.567448  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0938  carboxylyase-like protein  65.63 
 
 		 626 aa  802    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0751  Carboxylyase-related protein  59.07 
 
 		 621 aa  701    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.270281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1579  UbiD family decarboxylase  60.33 
 
 		 613 aa  739    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3173  Carboxylyase-related protein  62.08 
 
 		 624 aa  748    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.546258 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1830  UbiD family decarboxylase  59.64 
 
 		 615 aa  723    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00089461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1842  UbiD family decarboxylase  60.88 
 
 		 613 aa  750    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2237  carboxylyase-like protein  58.47 
 
 		 620 aa  718    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2913  Carboxylyase-related protein  51.87 
 
 		 610 aa  616  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00000000519936 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0168  UbiD family decarboxylase  40.39 
 
 		 589 aa  394  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0201007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0962  UbiD family decarboxylase  38.25 
 
 		 585 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00051781  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_002620  TC0359  hypothetical protein  35.74 
 
 		 579 aa  335  2e-90  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  32.62 
 
 		 487 aa  223  6e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.52 
 
 		 482 aa  222  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  33.47 
 
 		 509 aa  219  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  30.94 
 
 		 480 aa  211  4e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  32.84 
 
 		 479 aa  211  4e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.19 
 
 		 490 aa  211  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  31.92 
 
 		 493 aa  210  6e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  31.55 
 
 		 488 aa  209  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  29.39 
 
 		 481 aa  208  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  29.81 
 
 		 617 aa  208  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  30.47 
 
 		 495 aa  206  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  29.1 
 
 		 639 aa  205  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  30.62 
 
 		 487 aa  204  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.38 
 
 		 506 aa  204  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.38 
 
 		 498 aa  203  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  30.9 
 
 		 487 aa  203  7e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  31.38 
 
 		 495 aa  203  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  31.33 
 
 		 481 aa  202  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.76 
 
 		 522 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  30.3 
 
 		 488 aa  201  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.26 
 
 		 517 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  31.11 
 
 		 621 aa  199  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  29.95 
 
 		 606 aa  198  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  32.54 
 
 		 498 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  34.27 
 
 		 504 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  33.84 
 
 		 504 aa  197  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 497 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  30.47 
 
 		 488 aa  197  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.47 
 
 		 488 aa  196  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  30.04 
 
 		 488 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 492 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  30.47 
 
 		 488 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 492 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 492 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.06 
 
 		 489 aa  196  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  29.61 
 
 		 550 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.06 
 
 		 506 aa  195  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.91 
 
 		 492 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  29.61 
 
 		 488 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.49 
 
 		 497 aa  194  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  29.61 
 
 		 488 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.7 
 
 		 497 aa  194  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  29.7 
 
 		 497 aa  194  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  28.57 
 
 		 594 aa  194  5e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.7 
 
 		 497 aa  194  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.7 
 
 		 497 aa  194  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  29.7 
 
 		 497 aa  194  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  30.56 
 
 		 482 aa  193  6e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.7 
 
 		 501 aa  194  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.26 
 
 		 497 aa  193  8e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  30.13 
 
 		 498 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  24.88 
 
 		 617 aa  192  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  31.01 
 
 		 486 aa  192  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3225  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.92 
 
 		 494 aa  192  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.97 
 
 		 488 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4478  carboxylyase-like protein  31.26 
 
 		 512 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0662178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.49 
 
 		 497 aa  192  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4328  carboxylyase-like protein  30.02 
 
 		 512 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  30.32 
 
 		 496 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2578  UbiD family decarboxylase  31.92 
 
 		 494 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  31.01 
 
 		 486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  28.34 
 
 		 488 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  29.18 
 
 		 492 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.82 
 
 		 478 aa  190  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  28.76 
 
 		 488 aa  190  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  30.5 
 
 		 504 aa  190  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2702  hypothetical protein  27.32 
 
 		 613 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193644  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0292  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.19 
 
 		 504 aa  189  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  29.18 
 
 		 488 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  30.37 
 
 		 498 aa  188  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0150  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  25.77 
 
 		 613 aa  188  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000286157  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0864  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.52 
 
 		 605 aa  188  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.04366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  29.15 
 
 		 493 aa  189  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  24.58 
 
 		 617 aa  189  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1001  UbiD family decarboxylase  31.5 
 
 		 512 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  29.44 
 
 		 485 aa  188  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.13 
 
 		 498 aa  188  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  29.25 
 
 		 493 aa  188  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  28.76 
 
 		 487 aa  188  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.53 
 
 		 490 aa  188  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>