272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4242 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2004  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  62.58 
 
 
612 aa  784    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.266757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2913  Carboxylyase-related protein  55.25 
 
 
610 aa  676    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00000000519936 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3173  Carboxylyase-related protein  56.5 
 
 
624 aa  689    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.546258 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2656  Carboxylyase-related protein  62.48 
 
 
613 aa  771    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3006  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  59.97 
 
 
613 aa  732    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00027681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0993  carboxylyase-like protein  63.4 
 
 
612 aa  792    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0931103  normal  0.250406 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1323  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase family protein  55.08 
 
 
649 aa  678    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.567448  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1842  UbiD family decarboxylase  63.89 
 
 
613 aa  807    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4242  UbiD family decarboxylase  100 
 
 
609 aa  1253    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0938  carboxylyase-like protein  58.62 
 
 
626 aa  723    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0260  Carboxylyase-related protein  56.56 
 
 
615 aa  685    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0751  Carboxylyase-related protein  54.27 
 
 
621 aa  637    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.270281  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1830  UbiD family decarboxylase  62.76 
 
 
615 aa  778    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00089461  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3015  Carboxylyase-related protein  54.25 
 
 
610 aa  669    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1579  UbiD family decarboxylase  62.15 
 
 
613 aa  774    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2237  carboxylyase-like protein  61.27 
 
 
620 aa  770    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0168  UbiD family decarboxylase  39.7 
 
 
589 aa  388  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0201007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0962  UbiD family decarboxylase  36.76 
 
 
585 aa  352  1e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00051781  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_002620  TC0359  hypothetical protein  34.66 
 
 
579 aa  323  6e-87  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0677  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  32.69 
 
 
482 aa  242  1e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.809933  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2197  UbiD family decarboxylase  31.78 
 
 
481 aa  239  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0515  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  34.59 
 
 
507 aa  232  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0095  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  33.26 
 
 
478 aa  232  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.218951  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0287  UbiD family decarboxylase  30.53 
 
 
617 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0375  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  34.73 
 
 
517 aa  226  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.466573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1452  UbiD family decarboxylase  33.33 
 
 
479 aa  226  8e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.191341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0404  UbiD family decarboxylase  34.58 
 
 
504 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.505316  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0403  UbiD family decarboxylase  34.16 
 
 
504 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0730  UbiD family decarboxylase  30.7 
 
 
606 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.999695  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6115  UbiD family decarboxylase  33.26 
 
 
504 aa  217  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.612596  normal  0.345473 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2240  carboxylyase-like protein  33.72 
 
 
621 aa  214  2.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00980247  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4203  UbiD family decarboxylase  34.44 
 
 
509 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0356  UbiD family decarboxylase  30.59 
 
 
606 aa  213  5.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.99218 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3368  UbiD family decarboxylase  32.45 
 
 
639 aa  213  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338495  normal  0.193893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0822  UbiD family decarboxylase  31.94 
 
 
485 aa  213  9e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.394277  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0555  UbiD family decarboxylase  31.22 
 
 
480 aa  213  1e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.431346 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14820  UbiD family decarboxylase  31.84 
 
 
481 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1270  UbiD family decarboxylase  32.09 
 
 
482 aa  210  7e-53  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0255  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  32.98 
 
 
490 aa  207  4e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.278215  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0520  UbiD family decarboxylase  30.72 
 
 
493 aa  204  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4094  UbiD family decarboxylase  31.8 
 
 
486 aa  203  6e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.576442  normal  0.345928 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4514  UbiD family decarboxylase  31.59 
 
 
486 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8073  UbiD family decarboxylase  31.25 
 
 
497 aa  200  6e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0292  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  31.37 
 
 
504 aa  199  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0556  UbiD family decarboxylase  31.88 
 
 
491 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  30.96 
 
 
504 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  31.57 
 
 
488 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3212  UbiD family decarboxylase  29.72 
 
 
594 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  31.63 
 
 
487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0864  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.41 
 
 
605 aa  196  1e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.04366  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.18 
 
 
490 aa  194  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0268  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.95 
 
 
504 aa  195  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974118  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0901  3-polyprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.12 
 
 
602 aa  194  5e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.875332  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  31.15 
 
 
487 aa  194  6e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0591  3-polyprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.38 
 
 
600 aa  192  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.460237  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1045  putative periplasmic protein  29.65 
 
 
602 aa  191  2.9999999999999997e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.158782  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  30.51 
 
 
488 aa  191  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.79 
 
 
497 aa  190  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  30.77 
 
 
498 aa  190  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0770  seryl-tRNA synthetase (Serine--tRNA ligase) (SerRS)  30.69 
 
 
602 aa  190  5.999999999999999e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  30.52 
 
 
495 aa  190  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  30.61 
 
 
487 aa  190  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0650  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase, putative  29.35 
 
 
600 aa  189  1e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0803638  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0571  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase, putative  29.35 
 
 
600 aa  189  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  31.56 
 
 
487 aa  187  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.58 
 
 
497 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  30.58 
 
 
497 aa  187  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002100  3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  26.03 
 
 
617 aa  187  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00373148  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0705  UbiD family decarboxylase  30.93 
 
 
476 aa  187  4e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.400833 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.58 
 
 
497 aa  187  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  30.58 
 
 
497 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.58 
 
 
497 aa  187  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.37 
 
 
492 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1384  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  28.95 
 
 
600 aa  187  6e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.37 
 
 
492 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.37 
 
 
492 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.37 
 
 
492 aa  187  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  30.71 
 
 
491 aa  187  6e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  30.46 
 
 
489 aa  187  6e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2588  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.75 
 
 
506 aa  186  8e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.884779 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.58 
 
 
497 aa  186  9e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.37 
 
 
497 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  30.41 
 
 
488 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.17 
 
 
497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4281  UbiD family decarboxylase  32.12 
 
 
463 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1321  UbiD family decarboxylase  29.77 
 
 
602 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000596331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.82 
 
 
498 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00334  3-polyprenyl-4-hydrozybenzoate decarboxylase  26.34 
 
 
617 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2525  UbiD family decarboxylase  30.15 
 
 
504 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3709  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  29.3 
 
 
502 aa  184  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.536812  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  31.17 
 
 
498 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  30.58 
 
 
493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  31.02 
 
 
493 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4365  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.17 
 
 
492 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  30.53 
 
 
493 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  30.53 
 
 
493 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0766  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  29.09 
 
 
597 aa  184  6e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.29 
 
 
506 aa  183  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  30.29 
 
 
495 aa  182  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  30.53 
 
 
493 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>