More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1816 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1816  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 402 aa  814    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2434  3-dehydroquinate synthase  94.28 
 
 		 402 aa  751    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2287  3-dehydroquinate synthase  51.04 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.271495 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0084  3-dehydroquinate synthase  52.51 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2884  3-dehydroquinate synthase  47.78 
 
 		 386 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0984  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 		 397 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1553  3-dehydroquinate synthase  48.18 
 
 		 385 aa  353  4e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2474  3-dehydroquinate synthase  46.98 
 
 		 405 aa  335  7e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7262  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 387 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000318615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0428  3-dehydroquinate synthase  46.9 
 
 		 394 aa  306  3e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.989319 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0671  3-dehydroquinate synthase  41.62 
 
 		 387 aa  256  4e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  37.05 
 
 		 359 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  37.62 
 
 		 370 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  36.01 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  31.77 
 
 		 359 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  32.11 
 
 		 361 aa  146  8.000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  35.21 
 
 		 370 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  33.66 
 
 		 366 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  34.44 
 
 		 366 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  32.66 
 
 		 359 aa  144  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  30.56 
 
 		 358 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  36.24 
 
 		 370 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  35.35 
 
 		 364 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  35.35 
 
 		 364 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 		 362 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2009  3-dehydroquinate synthase  31.97 
 
 		 363 aa  143  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000160945 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0691  3-dehydroquinate synthase  32.26 
 
 		 370 aa  142  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  32.66 
 
 		 359 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0610  3-dehydroquinate synthase  32.55 
 
 		 370 aa  142  9e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  32.38 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0854  3-dehydroquinate synthase  36.05 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00901382  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  36.24 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1241  3-dehydroquinate synthase  34.4 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  30.96 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  34.91 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  37.3 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  32.17 
 
 		 359 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  38.46 
 
 		 364 aa  140  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  31.48 
 
 		 358 aa  140  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07371  3-dehydroquinate synthase  33.22 
 
 		 363 aa  139  7e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2358  3-dehydroquinate synthase  30.69 
 
 		 367 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  33.91 
 
 		 359 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1875  3-dehydroquinate synthase  33.93 
 
 		 348 aa  139  8.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.722069 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07351  3-dehydroquinate synthase  33.9 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.374407  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  31.51 
 
 		 366 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  31.99 
 
 		 358 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  38.33 
 
 		 361 aa  138  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  36.82 
 
 		 431 aa  137  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  32.1 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  34.8 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0474  3-dehydroquinate synthase  46.99 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0682  3-dehydroquinate synthase  35.9 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.833789  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  36.4 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  35.67 
 
 		 370 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  32.41 
 
 		 358 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  31.6 
 
 		 361 aa  136  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0786  3-dehydroquinate synthase  31.17 
 
 		 360 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0410044  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  39.61 
 
 		 366 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  39.61 
 
 		 366 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  32.41 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  36.39 
 
 		 591 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  35.18 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  32.41 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  38.78 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  34.29 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  32.41 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12660  3-dehydroquinate synthase  33.58 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.3799  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15030  3-dehydroquinate synthase  33.83 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.0034705  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  33.82 
 
 		 363 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  38.68 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2208  3-dehydroquinate synthase  34.24 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.441501 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2145  3-dehydroquinate synthase  36.18 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000281313  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1092  3-dehydroquinate synthase  32.62 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  31.05 
 
 		 369 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  37.28 
 
 		 359 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1020  3-dehydroquinate synthase  37.45 
 
 		 349 aa  133  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2951  3-dehydroquinate synthase  33.24 
 
 		 358 aa  133  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000482896  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1280  3-dehydroquinate synthase  27.99 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  30.9 
 
 		 388 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07421  3-dehydroquinate synthase  32.21 
 
 		 368 aa  133  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00250573 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  32.61 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  38.06 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  39.53 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0116  3-dehydroquinate synthase  32.21 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  32.43 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07551  3-dehydroquinate synthase  31.85 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  37.7 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  38.83 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  31.72 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  31.9 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  34.29 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0781  3-dehydroquinate synthase  35.78 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.514562  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  39.08 
 
 		 368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>