185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4361 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
431 aa  820    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.171088  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.68 
 
 
368 aa  386  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854455  normal  0.343267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
327 aa  118  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 
334 aa  85.9  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5601  oxidoreductase domain protein  27.08 
 
 
746 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
333 aa  75.9  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.297924  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.16 
 
 
329 aa  62.4  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.42 
 
 
318 aa  61.6  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.34 
 
 
366 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4269  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
317 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
331 aa  58.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.46785  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
309 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.15 
 
 
332 aa  56.6  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  31.31 
 
 
323 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
329 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
307 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
333 aa  54.7  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
309 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.7 
 
 
319 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
315 aa  54.7  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
307 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.5 
 
 
320 aa  53.9  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  28.01 
 
 
363 aa  53.9  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
321 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
349 aa  53.9  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
334 aa  53.5  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.37 
 
 
332 aa  53.9  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
347 aa  53.1  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  28.04 
 
 
680 aa  53.1  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
319 aa  53.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
313 aa  52.8  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 
327 aa  53.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.809623 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  21.13 
 
 
335 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.28 
 
 
307 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
327 aa  52.8  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.32 
 
 
330 aa  53.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.94 
 
 
330 aa  52.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
307 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 
332 aa  52.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
347 aa  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
323 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.54 
 
 
298 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
323 aa  51.6  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.15 
 
 
304 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
323 aa  51.6  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
328 aa  51.2  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  25.09 
 
 
319 aa  50.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.22 
 
 
307 aa  50.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
307 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
305 aa  50.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.07 
 
 
320 aa  50.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.51 
 
 
333 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.956027  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
330 aa  50.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.22 
 
 
304 aa  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  23.32 
 
 
318 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  23.51 
 
 
318 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
320 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
327 aa  49.3  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  23.2 
 
 
323 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  33.83 
 
 
318 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.77 
 
 
357 aa  49.3  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.95 
 
 
379 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  28.4 
 
 
336 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.59 
 
 
350 aa  48.9  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
321 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0455537  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.78 
 
 
330 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
316 aa  48.9  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
342 aa  48.9  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.4 
 
 
307 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
317 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
325 aa  48.9  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.36 
 
 
320 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.65 
 
 
308 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2359  dehydrogenase and related protein-like protein  29.59 
 
 
695 aa  48.9  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0324247  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
351 aa  48.9  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
346 aa  47.8  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
309 aa  47.8  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
329 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
329 aa  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
680 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.46 
 
 
365 aa  47.8  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.14 
 
 
330 aa  47.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
344 aa  47.8  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.59 
 
 
342 aa  47.8  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
309 aa  47.8  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
357 aa  47.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.211068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
334 aa  47.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  23.15 
 
 
331 aa  47.4  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.89 
 
 
329 aa  47.4  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.165318  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
334 aa  47.4  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
310 aa  47.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.71 
 
 
335 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
332 aa  47.4  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.19855 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3686  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.6 
 
 
307 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.38956  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
302 aa  47  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
327 aa  47  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
348 aa  47.4  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174057  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.18 
 
 
304 aa  47  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2146  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.31 
 
 
308 aa  47.4  0.0006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.478357  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
312 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>