More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0179 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
329 aa  676    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.165318  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.21 
 
 
345 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3810  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.99 
 
 
345 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14531  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  46.53 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.699739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5635  putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.07 
 
 
332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  37.94 
 
 
334 aa  183  3e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.85 
 
 
323 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.8 
 
 
322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.18 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.56 
 
 
323 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.48 
 
 
322 aa  177  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.17 
 
 
322 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.17 
 
 
322 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.17 
 
 
322 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
322 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
352 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
318 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.44 
 
 
362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.62 
 
 
328 aa  164  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.226707  normal  0.106215 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.95 
 
 
348 aa  162  7e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.12 
 
 
330 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.73 
 
 
352 aa  161  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.58 
 
 
340 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35 
 
 
323 aa  159  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.43 
 
 
339 aa  160  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.4 
 
 
337 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.2 
 
 
357 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2222  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.08 
 
 
335 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
360 aa  157  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0632  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.21 
 
 
340 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.65 
 
 
330 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.52 
 
 
355 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.82 
 
 
357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.61 
 
 
330 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.4 
 
 
342 aa  155  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.15 
 
 
355 aa  154  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.610294  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
325 aa  154  1e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.17 
 
 
358 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3383  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.78 
 
 
338 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.49 
 
 
344 aa  153  5e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.75 
 
 
323 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.89 
 
 
327 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.4 
 
 
356 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.28 
 
 
340 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6250  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
338 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.030258  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.6 
 
 
355 aa  149  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.14 
 
 
340 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.12 
 
 
331 aa  150  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6652  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
338 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
341 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.22 
 
 
336 aa  149  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0307  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.1 
 
 
339 aa  149  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.449381  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6417  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.86 
 
 
358 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1749  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.61 
 
 
354 aa  147  3e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6490  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.43 
 
 
325 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 
350 aa  147  3e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.72 
 
 
318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.63 
 
 
329 aa  147  4.0000000000000006e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.18 
 
 
372 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2401  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.11 
 
 
398 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.18 
 
 
307 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
345 aa  144  2e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.41 
 
 
318 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.33 
 
 
350 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.38 
 
 
336 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.41 
 
 
320 aa  143  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.84 
 
 
354 aa  143  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.45 
 
 
356 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.33 
 
 
349 aa  143  5e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.33 
 
 
320 aa  143  5e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
336 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.75 
 
 
336 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.91 
 
 
330 aa  142  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
352 aa  142  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.25 
 
 
336 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.36 
 
 
362 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
336 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.75 
 
 
351 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.63 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.51 
 
 
352 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.99 
 
 
354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.29 
 
 
361 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.83 
 
 
364 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0415  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.62 
 
 
324 aa  140  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.021137  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.24 
 
 
340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.35 
 
 
330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.88 
 
 
351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.41 
 
 
360 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.05 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.1 
 
 
363 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2097  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.26 
 
 
347 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  28.57 
 
 
360 aa  139  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0274  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.56 
 
 
351 aa  139  7.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
360 aa  139  7.999999999999999e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.44 
 
 
354 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>