More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3346 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  96.9 
 
 
355 aa  713    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
355 aa  734    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  80.28 
 
 
357 aa  598  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.44 
 
 
358 aa  588  1e-167  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.72 
 
 
358 aa  589  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.84 
 
 
359 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.29 
 
 
356 aa  560  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
350 aa  432  1e-120  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
349 aa  427  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.38 
 
 
350 aa  425  1e-118  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.74 
 
 
355 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.42 
 
 
357 aa  426  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
355 aa  422  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
349 aa  422  1e-117  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.97 
 
 
351 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  60.91 
 
 
354 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.72 
 
 
355 aa  418  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
353 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.39 
 
 
366 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.3 
 
 
355 aa  416  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.75 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.83 
 
 
362 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
397 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
353 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1511  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.48 
 
 
351 aa  415  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
353 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.17 
 
 
330 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0354  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.85 
 
 
348 aa  414  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
357 aa  412  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
353 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
353 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.01 
 
 
356 aa  412  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
353 aa  411  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
349 aa  412  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
353 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
353 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
360 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.11 
 
 
353 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
354 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.07 
 
 
357 aa  411  1e-114  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
353 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
353 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
353 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.52 
 
 
351 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
353 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.61 
 
 
348 aa  410  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5840  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.59 
 
 
352 aa  408  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.481427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.55 
 
 
366 aa  411  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
351 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
354 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.55 
 
 
363 aa  410  1e-113  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.23 
 
 
350 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.45 
 
 
366 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.45 
 
 
342 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.39 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.97 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.08 
 
 
352 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.2 
 
 
354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.86 
 
 
350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.26 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
360 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 
362 aa  403  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.65 
 
 
342 aa  404  1e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 
351 aa  402  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.03 
 
 
354 aa  401  9.999999999999999e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.52 
 
 
341 aa  399  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.09 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.14 
 
 
361 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3391  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.87 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.478209  normal  0.0989265 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
336 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.13 
 
 
352 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.13 
 
 
355 aa  395  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
353 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
353 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.94 
 
 
336 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.94 
 
 
355 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.31 
 
 
354 aa  395  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 
345 aa  391  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
356 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.36 
 
 
336 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.36 
 
 
353 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.14 
 
 
356 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.54 
 
 
356 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.38 
 
 
353 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.57 
 
 
318 aa  390  1e-107  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.24 
 
 
358 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.38 
 
 
354 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.25 
 
 
372 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.43 
 
 
379 aa  387  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.81 
 
 
353 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
353 aa  387  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.2 
 
 
367 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.08 
 
 
367 aa  385  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.07 
 
 
336 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>